对于跨境出口电商，相关主体的税务处理如下。
1)电商平台
根据电商平台性质的不同、提供服务的差异，电商平台通常涉及下列收入:
(1)平台服务费。跨境出口电商平台一般会收取刊登费(如eBay)、平台月费(如亚马逊)、技术服务费(如速卖通)等，均需按“信息技术服务信息系统增值服务”计算缴纳增值税。值得一提的是，阿里巴巴的速卖通自2016年1月开始，对所有平台按照所属行业分别收取技术服务费，收取的服务费将按不同的行业以不同的年销售总额来进行返还。对此，速卖通在收到技术服务费时缴纳增值税，当根据销售业绩返还一定比例服务费时，按照《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》规定的销售折扣折让处理，开具增值税红字发票冲减销售收入、增值税销项税额。
(2)成交手续费。跨境出口电商平台会根据各自的业务规则收取不同比例的成交手续费，如亚马逊根据不同行业收取不同比例的佣金，需按“商务辅助服务经纪代理服务”缴纳增值税。
(3)其他。境内商家入驻境外的跨境电商平台出口商品，例如入驻Wish平台(跨境电商界的“黑马”，主打跨境电商平台移动端)，平台向境内的单位或个人收取的服务费，属于《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》第十三条规定的“境外单位或者个人向境内单位或者个人销售完全在境外发生的服务”不征增值税。(国家税务总局关于外贸综合服务企业出口货物退(免)税有关问题的公告》规定，为国内中小型生产企业出口提供物流、报关、信保、融资、收汇、退税等服务的外贸企业为外贸综合服务企业，该类企业以自营方式出口国内生产企业与境外单位或个人签约的出口货物,符合文件规定的具体条件的，可由外贸综合服务企业按自营出口的规定申报退(免)税。据此，一达、外等B2B平台即可以外贸综合服务平台的身份提供出口贸易服务并申报退免税。
2)境内商家
根据《关于境电子商务零售出口税收政策的通知)，电子商务出口企业出口货物[财政部、国家税务总局明确不予出口退(免)税或免税的货物除外，下同]，同时符合下列条件的，适用增值税、消费税退(免)税政策:
①电子商务出口企业属于增值税一般纳税人并已向主管税务机关办理出口退(免)税资格认定;
②出口货物取得海关出口货物报关单(出口退税专用)，且与海关出口货物报关单电子信息一致;
③出口货物在退(免)税申报期截止之日内收汇;
④电子商务出口企业属于外贸企业的，购进出口货物取得相应的增值税专用发票、消费税专用缴款书(分割单)或海关进口增值税、消费税专用缴款书，且上述凭证有关内容与出口货物报关单(出口退税专用)有关内容相匹配。
不符合上款规定，但同时符合下列条件的，适用增值税、消费税免税政策:
①电子商务出口企业已办理税务登记;
②出口货物取得海关签发的出口货物报关单;
③购进出口货物取得合法有效的进货凭证。
从事一般跨境出口业务(非零售业务),即B2B的境内商家，其向境外销售商品按一般货物出口办理，根据具体情况进行增值税退/免税。
为进一步促进跨境电子商务健康快速发展，培育贸易新业态新模式，我国于2018年9月又出台了《关于跨境电子商务综合试验区零售出口企业所得税核定征收有关问题的公告》，明确了跨境电子商务综合试验区内的跨境电商零售出口货物有关税收政策。
