首先，说到弊端，真实性和合规性仍然是第三方支付机构最大的短板。一是由于跨境电子商务交易信息以电子形式进行传递，而电子单证可被不留痕迹地轻易篡改，因此无纸化和虚拟化导致了交易真实性审核的困难。二是跨境电子商务的模式和资金收支比较灵活分散，如小包、快递等国际物流，无法取得海关报关单等合法凭证，缺乏与资金流相匹配的货物流数据，因此增加了外汇监管的难度。三是跨境业务不仅要符合中国相关部门的监管要求，更要兼顾目标市场当地政府的法律法规、金融监管与反洗钱政策。仅合规操作这一项，支付机构跨境业务要满足国际反洗钱要求，就得斥资购买不少第三方机构的反洗钱黑名单。然而，随着支付机构外汇结算业务的放开，必然有一小撮人利用虚拟交易、蚂蚁搬家等方式通过支付平台变相洗钱或者向境内外转移资金。
其次，受限于单笔5万美金和现行外管制度，目前第三方支付机构一般不涉及跨境B2B支付结算，外管局许可跨境外汇支付试点的第三方支付机构开展B2C支付业务，而B2B仍属于传统银行的业务。自建B2B平台仅可以实现线上收单，线上完成支付及购汇的流程目前还不完善，企业间的跨境支付实际上大部分都是线下去做的。另外，与传统国际结算有统一的国际惯例（例如UCP600、URC522）不同，各电商平台的跨境支付规则都是由各自平台制定的，而且不时有修改，需要卖家实时留意。比如，物流方式必须是平台指定的快递方式（如DHL、UPS、FedEx等）、不支持海运的物流方式等。不同平台的收款时间也各不相同，很多平台都设定了买家保护期，甚至设置“预留款”，这种收款时间的规定，导致卖家的收款时间比较长，影响了货款的资金周转速度。
最后，第三方跨境结算通道受制于境内机构在境外的影响力有限，境外用户还是习惯于使用认可度较高的信用卡、当地银行或其他当地支付工具，因此应用推广是难点。总体而言，即使线上达成订单交易，B2B业务整个结算体系仍然十分传统、烦琐，因金额较大，很难适用电子商务通常“先款后货”的方式，仍须沿用传统的银行增信结算如信用证、保理、T/T等，并辅以合同、发票、报关单等单证银行结汇，尚未实现国际贸易结算的线上化。
