建设海外仓存在的一些问题是不容忽视的。主要有以下几个方面①:
(一)海外自行建仓成本高
以美国为例，一个工人每月的基本薪水大约为3000美金，一年3.6万美金。在中国，仓库工人的成本约为2美元/小时，而在美国则是14~15美元/小时。美国的仓库年租金一般为30~50美元/平方米。1000平方米就是3万~5万美元/年。这些费用还不包括其他生活费和税费。由此看来，一般中小跨境电商承受不起。
海外仓储费用高昂且名目繁多，包括仓储费、入仓费、标签打印费、订单处理费、退货费等，让那些商品利润空间较薄的卖家不堪重负。对于使用海外仓的企业来说，由于还不能像亚马逊那样通过建设先进的仓储中心和高度自动化和规模化的运营来降低成本，因此海外仓实际费用和从中国直接邮寄的成本差别不大。
对于中小企业来说，在没有具备一定经济实力和品牌基础的情况下，要量力而为，不要轻易海外建仓，就算选择第三方海外仓服务也需要非常慎重。除了极少数的跨境电商大平台之外，跨境电商实际上属于品牌商和有实力零售商的游戏，靠价格战和半生不熟的品牌战略支持不了跨境电商的未来。
(二)存在清关风险
传统的出口贸易，在进口国的清关工作一般都由进口商负责办理，进口商对于本国海关的相关法律法规和操作流程比较熟悉，一般不易出问题。同时，由进口商负责办理清关，则清关的风险转移至买家。在跨境出口的模式下，买家以最终消费者居多，大多不具备清关的能力，相当于出口商采用的是DDPDelivered Duty Paid,完税后交货(……指定目的地)(Named Place of Destination)]的贸易模式。
不同国家的海关法律法规不尽相同，出口商一般对进口国海关的相关规定及清关流程不一定了解和熟悉，由于理解的问题、沟通的问题，在无意中有可能违反相关的海关法规。
企业如果违反海关法，对于一般违法行为，将面临罚款、没收违法所得以及被海关降级，企业此后的进出口货物通关将面临海关更严格的审查，从而导致企业通关成本增加，通关速度大幅度下降，以致可能严重影响业务经营活动;如果违法行为具有偷逃税款或者逃避贸易限制强制性规定的故意，不仅面临被判处罚金、没收货物，甚至将面临刑事诉讼。
当卖家从海外仓发货时，必须自行在进口国海关清关，或者委托第三方海外仓办理代理清关服务，由于对于货物以及有关法规、清关流程的不确定、不可控，加大了上述风险。
(三)产品知识产权问题
从2014年11月开始，陆续有商家反映他们的PayPal账户遭到冻结甚至清零。这两年，差不多每年圣诞节前后，正值西方传统购物的高峰期，在亚马逊、eBay等大型跨境电商平台上的、面向美国市场的中国中小卖家往往会遭遇到这种集中的账户遭冻结和清零的情况。背后的主因是由于卖家遭遇了“钓鱼执法”。一批来自美国的买家，以高价购买仿冒品为由与中国商户聊天，获取其PayPal账户，随后相关品牌商凭借聊天记录在美国提起诉讼，目前超过千名卖家深陷其中。
这是境外品牌商通过司法途径实现知识产权保护的一种措施和手段。美国品牌商通过获取我国商户涉嫌侵犯对方知识产权的证据，而后向法院提起诉讼并申请法院对我国商户存在于PayPal账户上的资金进行冻结，就是一种诉讼财产保全行为，符合法理和法律规定，也是法律实务中常见的手段。
一直以来，美国品牌商在打击跨境贸易中的不当行为都很困难，不仅成本高，而且法院判决很难执行。但这次美国的权利人在取得证据之后，利用当地法律把中国商户的PayPal账户冻结，把难题都留给了中国商户。可以试想一下，当中国企业在美国大规模建立海外仓，商品都堆在别国境内，一旦企业有任何违反知识产权的行为，当地警方查封货物将成为轻而易举的一件事。而长期以来，中国企业的知识产权意识不强，对境外的法律体系和法律风险不甚了解，侵权行为也时有发生，过去被侵权者维权成本高，现在利用电商平台取证，通过冻结账户，甚至查封海外仓等方法，将中国企业置于困境。
(四)存在库存压力
做海外仓需要提前备货，只要有库存就有滞销的风险，而中小卖家对于大数据的运用并不具备优势，对于货品的畅销和滞销并不能做出准确的判断，因此备货时，很难根据市场需求进行合理的配置，这势必会增加企业的库存成本。因此，大家在选择做海外仓的时候，一定要对自己产品的销售有一个预判，如果对于自己产品的销售没法很好地把握的话，建议刚开始不要发货太多，先发一部分产品，试销售，通过进行销售分析，然后再大量补充产品。对于滞销品的处理，一般来说不会再运回中国，否则又将变成一个进口的问题。因此，一旦发生滞销，就要通过各种促销手段将这些滞销品尽量处理掉。这又将会对企业造成一定的损失。
(五)税务合法性问题
据有关媒体报道，亚马逊英国致电部分中国卖家，要求在2016年6月30日前提交VAT(ValueAdded Tax，增值税)账号，否则将不排除面临封号的风险。
欧盟的增值税是附加在商品和服务的价值上征收的一种消费税，适用于在欧洲交易的、用于使用或消费的商品或服务。欧盟不同国家有自己的税率标准，就英国而言，VAT有三种税率标准:20%的标准税率适用于绝大多数商品和服务;5%的低税率适用于家庭用电或汽油;0%的税率适用于极个别情况。
对于向欧洲出口产品的中国卖家来说，需要交纳的实际VAT=销售税 VAT-进口增值税(IMPORT VAT)。销售VAT=产品定价(税价格)x20%，这是由客户承担的。
进口增值税=(申报的货物价值+头程运费+关税)x20%,卖家可以申请退回进口增值税。
VAT 适用于所有使用海外仓储的卖家，即便使用的海外仓储服务是由第三方物流公司提供的，卖家也从未在英国当地开设办公室或者聘用当地员工。只要产品是从英国境内发货并完成交易，就必须缴纳VAT。但是，从中国直邮至英国的卖家将不受影响。
并且，卖家不能使用海外仓储服务公司或者其他个人的VAT账号。也就是说，使用海外仓的跨境电商想要出口货物到英国，必须向英国税务部门登记申请 VAT 账号。
英国财政大臣认为越来越多在英国备货、线上销售的海外卖家没有缴纳 VAT，极不公平地打击了英国互联网经济和实体经济。英国政府出台该政策的主要目的:增加国家财政税收，保护英国本土卖家，打击海外电商的逃税行为。
