在自由贸易试验区出现以前，货物入境就需要缴纳关税，这给进出口企业带来了资金压力。
保税区出现后，货物停留在保税区内无须缴税，可以对货物进行存储、加工、改装、混合、分类、展览等；货物离开保税区人境则需要缴税；货离开保税区出境则不需要缴税。
自由贸易试验区的优惠政策更多，可简要归纳为“五个自由”：
(一)贸易自由
推动跨境货物贸易、服务贸易和新型国际贸易结算便利化，促进跨境贸易各要素自由便捷流动，逐步推进区域性新型国际贸易中心建设。
货物贸易领域：实施“零关税”，有效配置国际国内两种资源；服务贸易领域：“既准入又准营”，破除服务贸易壁垒。
实施进出口商品管制负面清单管理；高标准建设国际贸易“单一窗口”；建立“一线”放开、“二线”管住口岸监管新模式；推动各类贸易融合发展，建设区域性离岸新型国际贸易中心。
(二)人员进出自由
建立与国际接轨、有中国特色的人才服务管理机制，建立市场导向的人才引进和认定机制，建立外国人来华工作许可负面清单管理制度及工作居留许可一体化管理模式等。
(三)资金流通自由
实质上是金融开放，如人民币资本项目放开、实施离岸金融中心政策等，使跨境资金流动更自由便利。
(四)货物存储自由
在自由贸易试验区内，货物存储期限不受限制，和保税区仅能在固定期限内存储相比更具优势。
(五)货物进出自由
在自由贸易试验区，货物流通畅通，多数自由贸易试验区采取门岗管理方式，运作手续简化，比保税区的“账册管理”更为简化，交易成本更低。
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