仓储服务费，一种是按工作量进行收取，出、入、存、退等都按件计费;另一种是按资源使用合同收取,按面积、储位、人员、设备、耗材等计费。海外仓运营的成本包括固定成本、库房租金、设折旧;可变成本包括薪资、耗材、水电网费、运费等。海外仓在定价模式上，排除头程可能由卖家自送，费用大致可以分为仓储费、操作费和派送费等几部分。不少海外仓公司延续传统货代业务员的销售方式,以折扣作为卖点，对不同体量的卖家价格不一样，在不同时间又会推出一些优惠活动。随着行业竞争越来越公开化，市场报价从早期的混乱，到现在越来越趋于一致，即盈利点主要基于提升仓库吞吐规模，挣劳动产出而非差价。涉及代发头程的，货物从中国到海外仓的运输、提货、仓储及清关等费用结构更为复杂，组成涉及不同产品、不同路向、不同渠道的价格矩阵。
在合作初期大部分第三方海外仓都可以免1~3个月仓租费;操作费按包裹3~5元/件，随一定重量递增;占比较大的部分是派送费，快递折扣取决于海外仓整体出货量,为了吸引卖家，海外仓通常按实价报，很少再掺差价;仓内增值服务按工作量不同另行计算。
多个国家、多个账号会涉及多个FBA和第三方海外仓，费用项多。海外仓要主动为每个货主出具定期的出/入库量及投递情况报告，让卖家自己掌握库存及算清每一笔费用构成，才能避免纠纷。例如根据商品滞仓天数去计算滞仓费，如果库存数量有差异，围绕滞仓费就会产生各种纠纷。仓储成本的控制，不要追求面积，要使流程优化，使销量最大化、库存最小化，充分去挖掘技术设备的潜力，提高储存密度和仓容利用率:要选择合理的人员组织形式，尽量减少非生产人工费用的支出;要采取出租、借用、出售等多种经营方式提高资产设备的利用率及资金占用;订单上量才能获得更好的配送价。
多数海外仓为了避免坏账，采用储值预付费发货的模式，充分利用上下游账期差。财务人员，负责当地税务、渠道费用的对账、付款及对进销异常的处理，与国内外对接好费用流程，输出财务报表，分析资金周转。只有把客户沉淀在系统上，清晰地管理客户的售后、账单和账期，即使业务员流动，客户也不容易流失。
