(一)行业与政策的依存度过高
早期跨境电商的产品种类相对较少，使得平台受行业及政策影响较大，不利于跨境电商平台的健康运营。以青岛为例，青岛跨境电商海外货源以韩国为主，其海运跨境电商直购进口的“第一单”即来自韩国。但受“萨德事件”的影响，国内消费韩国产品的需求下降，直接影响到青岛跨境电商平台的运营业绩。而政策影响最典型的事件莫过于三部委对跨境电商零售进口税收政策的调整：2016年4月，财政部、海关总署、国家税务总局决定实施跨境电商零售进口税收政策，并同步调整行邮税政策，极大影响了跨境电商园区实施的保税进口模式，对各地跨境电商造成了很大冲击。
(二)缺少严格的行业规范
跨境电商自诞生之日起，假货问题就困扰着跨境电商的发展，影响了跨境电商的形象。假货问题凸显出跨境电商在行业规范方面的问题，如产品进口认证及全程追踪系统的缺失。目前，国内的跨境电商多采取“保税进口+海外直采”的模式，以保证产品来源的可靠性。但是，“海外直采”存在很多问题，如在流转过程中容易混入假货，中小跨境电商平台货源混杂，有的甚至在招商渠道、商品流转过程中铤而走险。
(三)地方型平台运营缺少竞争力
由于政策红利的刺激，跨境电商被称为电子商务最后的“蓝海”，吸引了大量的企业进入。除去原有的电商巨头外，很多物流及快递企业、传统的商贸公司，甚至跨境电商园区等纷纷建立跨境电商平台，积极投入运营。但是，这些新建的平台面临着极大的运营问题。一是存在着“重建设、轻运营”的误区。平台系统开发难度大，很多跨境电商企业投入大量的资金，却忽略了系统的运营，在运营人才储备方面明显不足。二是缺少客户积累，网站流量低。平台由于是新建立的平台，获客成本极高，网站活跃度不高。三是产品结构不合理，难以满足消费者的全面购物需求。由于很多跨境电商平台的货源具有明显的地域特征，极大地影响了消费者的平台使用率。
(四)物流和产业链亟待进一步完善
跨境电商订单多以零售为主，具有金额小、体积小、频率高的特点，一般不采用集装箱海运的传统方式进行运输，而采用国际小包和国际快递，不能兼具运费低和速度快的优点；B2C外贸企业集货可以产生规模效益和降低运输成本，但管理困难；第三方物流可以让跨境电商平台将主要精力放在主营业务上；海外仓储模式可以有效提高速度，但成本较高。
(五)缺乏跨境电商专业人才
跨境电商作为新兴的对外贸易方式，涉及电子商务与国际贸易等多方面的知识，对从业人员有较高的要求。由于教育部尚未设置跨境电商专业，人才匮乏成了各地跨境电商面临的大问题之一。据中国电子商务研究中心的数据显示，目前，跨境电商企业多倾向于招聘国际贸易专业的人员(70.1%)；尽管国际贸易每年有大量的毕业生，但依然有85.9%的企业认为目前跨境电商人才存在缺口。
(六)信息化水平参差不齐
地区间信息化程度的差异使得我国不同地区跨境电商发展出现了差异。与广州、上海等东部城市相比，中西部地区的信息化水平相对较低。即使在跨境电商较为发达的地区，不同企业之间也存在着差异。不同企业之间信息化水平的参差不齐容易造成企业信息化链条的断裂。而随着各地跨境电商园区内电商企业的日益增多，出人区产品的种类、仓储、物流等各类信息流必须有强大的信息化平台予以支撑。信息化水平的低下，严重阻碍了全流程信息化系统的建设与推广。
