海关保护知识产权的执法模式分为依职权保护和依申请保护两种，鉴于通常知识产权权利人难以及时了解其他企业的进出口商品信息，海关依职权查处侵权是当前知识产权海关保护的主要途径。
根据《中华人民共和国知识产权海关保护条例》的规定，企业进行知识产权备案是海关采取主动保护措施的前提条件。因此，要想依靠海关的力量为企业把好知识产权这道关，企业应当尽早对自己享有的知识产权进行海关备案。同时，备案可以对企图进行侵权的其他企业产生震慑作用，可以迫使已经在生产、销售侵权货物的企业停止侵权，还可以使非恶意侵权的企业避免“误打误撞”的侵权。对于处于备案期内的知识产权，海关依职权进行保护。
一般而言，海关在查验时发现涉嫌侵犯已在海关总署备案的知识产权货物、物品进境时，会暂停办理通关手续并联系知识产权权利人确权。对于权利人确认为涉嫌侵权货物物品，提交采取知识产权海关保护申请并提交担保的，海关将依法实施扣留，并按规定处置。
从跨境电商商品的侵权特点来看，商标侵权占跨境电商知识产权侵权总量的98%以上，而《中华人民共和国商标法》是海关进行知识产权海关保护的重要依据，但海关对商标权的保护与《中华人民共和国商标法》的规定并不能直接画等号，其中差异根源来自知识产权的私权属性与海关知识产权保护的公权力属性的区别。
根据《中华人民共和国商标法》第五十七条的规定，以下三种行为均属于侵犯商标专用权的行为：
(1)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标；
(2)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标；
(3)在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的。
但并不是所有的商标侵权行为都属于海关实施知识产权保护的范围。因为知识产权属于私权，私权可以放弃，在当事人向海关进行备案时，海关可以将当事人未进行备案的近似商标理解为放弃寻求海关保护。
