在传统的出口流程中，每票货物都要填写报关单，再由海关核放。对于零散的跨境电商包裹，如此逐票申报几无可能。自 2014年起，以9610海关监管方式开展电子商务零售出口试点，除了企业备案，还历经了两次优化。第一阶段，“清单核放、汇总申报”，进口和出口、B2B和B2C均未进行区分表述，海关按企业报送的清单进行实时核放，企业则需每月将清单汇总成报关单。
第二阶段，“清单申报、清单统计”，2015年10月，《中国(杭州)跨境电子商务综合试验区海关监管方案》通过了海关总署的批准，杭州启动了新出口试点办法，对不涉及出口征税、出口退税、许可证件管理且金额在人民币5000元以内的跨境电子商务零售出口货物，企业可以按海关税则“四位”品目简化申报，不再按月汇总报关，海关按清单实施清单统计。取消汇总后，简化效果还是相当明显的，大量包裹填 10位海关编码很麻烦。
另外，在试点城市，小包直发通过“单一窗口”，可降低出口商品查验率，也便于实现汇总出口退税的落地。
传统外贸企业在拿到增值税发票之后，货物报关出口、回款结汇的同时就可以申请退税。国家鼓励出口，先征后退，退的就是采购成本中的进项税额，这里面有好几个点会成为“额外收益”，一些贸易商的利润甚至来源于此。不一样的商品将缴纳不同的税额，一般情况下在13%~17%不等，而与之对应的退税比例则分别是货值的5%~13%。
然而，跨境电商零售出口的退税政策，规范性要求并无实质性改变，且跨境电商第三方平台也不适用、无法代办。退税流程其实很复杂，监管审核严格，要收齐按规定需向主管机关提供的退(免)税申报凭证和资料，需要海关、外管、税务、银行等几个部门跑，占据企业财务部门人员大量的时间和精力。外贸电商从业者基本是小型公司，不掌握退税方面的专业沟通和流程规范，难以操作。
什么条件下电子商务出口享受退免税呢?根据规定，享受退税的四种必备条件，一是电子商务出口企业属于增值税一般纳税人并已向主管税务机关办理出口退(免)税资格认定;二是出口货物取得海关出口货物报关单(出口退税专用)且与海关出口货物报关单信息一致;三是出口货物在退(免)税申报期截止之日内收汇;四是电子商务出口企业属于外贸企业的，购进出口货物取得相应的增值税专用发票、消费税专用缴款书(分割单)或海关进口增值税、消费税专用缴款书，且上述凭证有关内容与出口货物报关单(出口退税专用)上的名称、数量、单位等有关内容相匹配。
享受免税略简单，一是办理税务登记，二是有出口货物报关单，三是购进出口货物取得合法有效的进货凭证。根据《出口退(免)税企业分类管理办法》，出口退(免)税企业分为四类，不同信用等级享有不同的退税便利，如果出口企业为小规模纳税人，均实行免税政策。
然而，过去很少有出口跨境电商愿意去足额报税，麻烦半天退的税额还不够填“阳光化”增加的税负，加之上游采购渠道为节省资金也不主动提供增值税发票;并且，跨境支付脱离传统银行，收汇并核销更无可能;最终不征不退，保持“潜水”，隐性地享受了免税政策。
跨境电商如何操作退税呢?在全面营改增的推动下，越来越多的上游供方企业有较多的增值税发票可以流转至电商卖家，所以很多卖家可以拿到17个点的增值税发票，从而有条件足额退税。
化解出口退税难题，目前最简单的方式是通过外贸综合服务企业“出口退税外包”。中小企业将自己生产的货物名义上销售给外贸综合服务企业，外贸服务企业以自营方式出口的货物，可按9610“分送集报”跨境电商自营出口的规定申报退(免)税。第三方代理出口货物退(免)税实务流程是:出口退税备案→申报→审核→境外收汇→结汇→税款退付一退税清算。
例如，北京版外贸综合服务平台“京贸通”，主要向中小微企业提供融资、通关、出口退税及物流、保险等外贸服务，可提前向入驻企业垫付税费、赊销。在通关操作中，商品可以用北京金隅商贸有限公司的名义完成全国各口岸海关、商检的申报，提升退税效率。
通过BBC海外仓或监管仓备货模式，货物申报出口到海外仓，也能配合外贸出口拿到退税的关键凭证出口报关单，再操作退税。总之，电子化通关、无纸化办税，仍是未来提高申报通关与退税效率的关键。
