综合保税区拥有多种“外向型”功能，保税物流中心/物流园区具备国际中转、配送、采购和转口贸易四大功能，开展保税仓储、流通性简单加工、包装及增值服务等活动。保税物流主要分为生产物流和流通物流，生产物流为进出口加工，流通物流为进出口备货及成品销售区。保税区可以作为“境内关外”的一个临时缓冲区，即使进□或转口等贸易的手续不齐，也可提前进入该区存放货物，再操作后续流程。在双向海外仓模式中，卖家把利润高的货物、贵重货物退货运回国内保税仓，以安排维修处理和再销售，从而减少退件损失。将进口与出口相融合，一仓发全球，从真正意义上做到全球买、卖。
保税区最常见的功能是加工贸易，即对货物进行实质性加工生产，产出成品后，按成品(成品税号)发往海外或清关进口的生产性保税物流。国家级出口加工区都有单独的海关关区代码，是集保税加工、物流、研发、检测、维修等功能为一体的综合保税区，是政策最优、机制最活、通关最快的对外开放区域。
加工贸易的保税货物有三类:一是供加贸(来料加工)加工成品后复出口的进口料件;二是外国商品寄售业务、外国产品维修业务、外汇免税商品及保税生产资料市场的进口货物:三是转口贸易货物、外商寄存货物及国际航行船舶所需的燃料、物衬和零配件等。所有货物进出监管区，都经过保税仓系统的在册管理。
保税生产的物流系统，对工厂内部的原材料、半成品、成品及零部件等进行存储和输送，侧重于物流与实时生产的JIT(Just In Time，准时)对接，加工贸易需要实施料号级管理、归并关系及账册备案，对物料清单(Bill Of Material，BOM)进行管理。区内生产线边的库存低，把物料从仓库送到生产线，对配货效率及频次要求高。区内企业生产的最终产品，多数是直接出口的。对于出口转内销的产品，如将零部件分批进口，按A/B/C不同税号进入保税区，在库里组装为成品D，必须按D税号清关进口。
无实质性加工的流通性保税物流，如消费型产品的成品进入综合保税区，只检疫不检验，模式灵活，保税仓做进口比海外仓更贴近市场。区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税，出区入境销售按进口的有关渠道报关，并按货物实际状态征税，可整进分出或者分进整出，多向流转，为商品流通提供存储、分拣、配送等服务，侧重于连接贸易商和消费者，涉及出口、内销、批发、零售等多种出区方式。跨境保税备货 1210 业务在多个试点城市盘活了当地保税园区的仓储,37个大中城市的跨境电商试验区遍及全国,在宁波、郑州、广州、重庆等城市有十万平方级的电商保税仓，主要面向跨境电商消费品的进口，居全国保税进口城市的前几位。随着综合保税区全面适用跨境保税进口政策，各城市试点期间的稀缺性、政策先导优势将被拉平。
通常，保税仓库内管理提供货物拍照、清点、贴标包装、分拣、产品组合、放宣传页、加固包装、分级分选、称重包装等电商仓配服务。
大宗物资的保税仓，投行可通过仓储掌握出货节奏并进行套利，如金属期货实物交割、质押、延期交货、隔夜仓租等操作。外贸货权交割主要在码头和机场等口岸保税区进行操作，通过线下中介，解决外贸信用担保。跨境B2B电商所碰到的交付、结算及结汇等难题，可以利用保税区的特性搭建“结算仓”的交易体系。当采购方付款后，保税仓的仓库工作人员就把供货商库存移到买家库存，以银行支付信息作为保税区内货权交割的依据，让保税仓成为进出口供应链监管角色。
