尽管说跨境电子商务为我们国家的传统外贸企业电商带来了巨大的商机，但是在这个同时，传统外贸企业电商也面临着巨大的挑战。
第一个挑战为传统外贸企业电商的信息化程度比较低，由于电子商务的实施，必定是要以信息化为基础的。与发达的西方国家相比较来说，我国企业的信息化起步是比较晚一些的，而且信息化基础也很薄弱。许多中小型的传统外贸企业由于缺乏资金，人才缺陷，信息化的水平依然很低，具体可以从网站表现功能较单子，管理方面也不是很到位，营销推广方面的效果也不明显。很多传统外贸企业的网站都还停留在提供信息和供人们查询的初始阶段。极少的企业网站能够实现在线洽谈，签订购货合同等等功能，更别说顺利完成整个对外贸易的流程了。
第二个挑战表现在信息网络安全体系也有缺陷。由于电子商务的运营涉及了很多方面的安全问题，比如资金的安全、信息的安全、货物的安全、商业的机密等等，尤其是有关于网上支付结算的信息安全性以及可靠性必将一直会是电子商务最核心的研究领域。因为电子商务必须得依靠着互联网而去运营，所以说作为开展电子商务这一网络，电子商务运营网络的基础必须安全可靠，甚至网络传输的误码以及网络连接的故障几率都必须尽可能的低以于几乎没有。但是目前我们国家的一些电子商务网络在安全方面这一体系上并没有设防太多，非常容易就会受到计算机病毒和一些网络上面黑客的攻击，这就为电子商务的发展带来了很大的安全隐患。
除此之外，传统外贸企业电商还面临着交易安全这一挑战，在跨境电子商务活动中，各种合约以及价格等信息，大多都事关商业机密，而网络病毒和黑客的攻击会导致商务诈骗以及伪造单据等恶劣行为。这也导致了很多传统外贸企业电商公司不敢网上签约和交易结算，严重影响了跨境电子商务的发展。
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