供应链管理的出现意味着供应链作为组织而存在，管理也暗示着必须存在管理的主体，主体要么是某个成员企业(如核心企业)，要么就是架构于成员企业之上的协作组织。供应链管理的组织形式与供应链所处的发展阶段密切相关。供应链管理从机械级发展为前瞻级、战略级，其组织模式体现了从两两自发管理到跨部门团队、企业间团队的发展趋势。
企业内部各部门在进行与供应相关的活动时，从各个部门中抽调的专业人员组成跨部门团队(Cross-functionalTeam)，目前已经被多数企业普遍采用。这些部门可能包括:采购、研发(R&D)、制造、质量服务(物流)、财务、信息技术(IT)等，人员包括管理人员与工程师。跨部门团队涉及新产品开发、价值链分析与设计、标准化、资源(资金、设备)管理、供应商选择、供应关系及战略联盟的开发、信息平台建设等。
跨部门团队在正确的领导下，将产生协同作用，即各部门的专业人员提供的专业知识与信息，提高了对处理问题中全面考虑影响因素的可能性;前期参与充分沟通一定程度上降低了来自其他部门的阻力;对于企业外部的供应商、物流服务商，跨部门团队的协同性比与单个供应人员联系更为有效。(2)企业间团队。
当成员企业需要在战略上进行协同，协作的深度及频度达到一定程度时，需要建立企业间团队。企业间团队的组织形式完全不同于企业的部门，是虚拟团队(Virtual Team)。虚拟团队是一种具有共同目标、动态性和灵活性，依靠信息技术(IT)，跨越时间、空间距离和组织边界而形成的小型群体，主要特点为:一是以任务为中心的动态性;二是以网络技术为沟通手段;三是群体成员异质性;四是无边界性。
企业间团队需要解决两个层面的协同问题:一个是战略级的协同;另一个是企业间运营的协同。战略协同是指各成员企业的高层领导通过及时沟通，共同制定供应链的战略决策，对资源的承诺及提供，在供应链运作过程中动态调整供应链战略;运营协同是指涉及供应链绩效评价、制定励机制、利润调配等策略性协同，也包括新产品开发、库存战略、运输战略等技术性协作。
产生于20世纪80年代中的供应链管理思想体现了企业管理重心从内部到外部的发展过程，供应链管理的本质是强调跨企业的集成管理。供应链管理主要包括计划、组织和控制从供应商到用户的物料和信息，以及从最初原材料到最终产品及消费的整个业务流程，这一流程连接了从供应商到顾客的所有企业。供应链包含了企业内部和外部为顾客制造产品和提供服务的各职能部门所形成的价值链。其目标在于提高用户服务水平和降低总的交易成本，并且寻求两者之间的平衡，实现了以客户需求为原动力，将企业内部所有的经营业务纳人到一条供应链内，使得企业内部各种业务和信息能够实现集成和共享。
由此可见，供应链管理强调在整个供应链上实现最优的资源配置，这正构成了跨境交易的动因基础，即将业务交给更具有规模、成本和技术优势的供应商，从而提高整个供应链的效率。其次，供应链管理强调通过合作来实现整个供应链的协调，这正符合了跨境合作这种管理方式的本质。
