时至今日，跨境电商实施零售进口综合税和出口“无票免税”“核定征收”制度，市场采购实施出口简化通关和“免征不退”制度。我国已初步建立跨境电商税收制度体系，主要有进、出口两个方面。
进口税收制度。实施专门的跨境电商零售进口综合税，由海关征管。综合税性质上不同于物品税，在税率上又低于货物税，其关键词为“货物、清单、限值、打折、汇总”。具体税制是：（1）按照货物征税。税种集合关税和进口环节增值税、消费税，以实际交易价格作为完税价格，消费者作为纳税人，电商企业、平台企业或物流企业作为代收代缴人。综合税和货物税、物品税不一样，没有 50 元起征点的设置。（2）实行正面清单管理。适用于进口商品清单范围内，并且能够实现交易、支付、物流电子信息“三单”对比的零售进口商品。（3）实行限值管理。消费者单次交易限值为人民币 5000 元，个人年度交易限值为人民币 26,000 元。（4）实行税率七折。在限值以内的零售进口商品，关税税率设为 0%，进口环节增值税、消费税按法定应纳税额的 70% 征收。（5）程序上“化零为整、担保汇总”。消费者在网络系统下单购物时支付的价款内已包含税额，纳税程序由代收代缴人办理。代收代缴人提供税款总担保，结合申报清单向海关申报应税信息，商品即时放行。代收代缴人其后向海关汇总办理纳税手续。
2. 出口税收制度。在流转税方面，实施“无票免税”的创新制度，由税务部门管理。对于跨境电商综合试验区内的出口电商企业，其未取得有效进货凭证的出口货物，免征增值税、消费税。当然，后续的出口退税也自然免除。前提条件是电商企业在试验区注册并办理出口海关申报手续，海关向税务部门传输申报清单信息。这一规定解决了电商企业出口难问题。在所得税方面，实施“核对征收”的优惠制度，由税务部门管理。对于跨境电商综合试验区内“无票免税”的出口电商企业，试行核定征收企业所得税：在准确核算企业收入总额基础上，采用4% 的应税所得率核定企业应税所得，再按实际税率征收。一般企业所得税率为 25%，在此情况下实际税负仅为 1%。其他免税收入、特殊企业的优惠仍有效，综合税收优惠十分明显。
