目前我国海关稽查的工作方法以抽查和分析为主，以电子计算机和手工相结合为特征。会计原理、准则是形成稽查方法的基本来源，对企业账务记录、检查是其主要的手段。
(1)检查法
检查法是指海关稽查人员通过对被稽查人的会计报表、会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料进行核查，取得反映被稽查人进出口活动真实情况的证据的一种稽查方法。
(2)调查法
调查法是指海关稽查人员通过观察、询问、函证等方式深入实际，对被稽查人账内外的客观事实进行调查研究，取得旁证，证明事实真相或查找新线索的一种稽查方法。
在海关稽查工作中,常常会发现有些问题不能直接根据会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料作出结论或判断，而需实地观察某些财产物资情况，向有关单位和个人了解或征询意见，核实情况。这时就需要以调查的方法来完成任务。通常的调查方法有两种：一是观察法，即海关查人员实地察看被稽查人的经营场所、实物资产和有关业务活动及其内部控制的执行情况，以发现其中是否存在问题；二是查询法，即海关稽查人员运用书面或口头询问的方式来获取证据的方法。
(3)盘存法
海关稽查人员在检查被稽查人实物资产及现金等的存在状况时，需要具体地查证核实被稽查人实物资产及现金等的实际结存数量，这就是查的盘存方法。海关稽查人员通过这种方法可以了解被稽查人实物资产及现金等保管的基本情况，确定各种被监管的进出口货物是否存在短缺、损坏等现象，是否有违规情事。盘存的方法又分为直接盘点和会同盘点。所谓直接盘点，是指稽查人员亲自组织现场盘点，并要求被查单位会同执行的盘点。会同盘点，则是先由被查单位于结账时自己组织盘点，并邀请海关人员亲临现场会同检查，通过观察和抽查取得证据的一种盘点方式。
(4)分析法
分析法是指海关稽查人员利用各种分析技术对监管对象的相关情况进行计算、分析、评定的基本方法，大致包括简单的定性、定量分析和复杂的数量分析。具体来说，包括比较分析法、趋势分析法、账户分析法、经验数据分析和其他现代分析技术。
比较分析法一般从两方面入手。一是绝对数的比较，直接将有关账户上的数量、金额等进行比较，比较后揭露的差异，就是海关稽查人员须深入调查并确认的对象。二是相对数的比较，如某企业以前连续几个年度的各类流动资产比例一直保持在3:2:2左右，在加工无重大变化情况下，各类进口保税货物比例变成1:2:3，则稽查人员可以初步判断企业在进口货物数量与产品实际生产上存在的问题。
账户分析法则是根据某一账户本身的性质及其所反映记载的经济业务，查人员可就账面上借贷两方发生额，借贷两方的对应关系，借方或贷方余额的大小以及对应账户的关系等进行判断分析，以发现会计记录中明显差误或经济业务的不正常现象，为进一步深入检查引导出重点和范围。
经验数据分析，是海关稽查人员凭经验所进行的分析。从某种意义来说，海关稽查工作是一种经验性工作，几乎每一次稽查过程，无不需要工作人员依靠其业务技能和对被查单位的了解以及有关经验知识进行经验性的判断和分析。经验数据分析常用于判断某个账户余额的合理性和研究评价企业的财务状况。
