海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内及其后的3年内，对与进出口货物直接有关的企业、单位的会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料(以下统称账簿、单证等有关资料)和有关进出口货物进行核查，监督其进出口活动的真实性和合法性。海关对下列与进出口货物直接有关的企业、单位实施海关稽查，包括:从事对外贸易的企业、单位，从事对外加工贸易的企业，经营保税业务的企业，使用或者经营减免税进口货物的企业、单位，从事报关业务的企业，以及海关总署规定的与进出口货物直接有关的其他企业、单位。海关根据稽查工作需要，可以向有关行业协会、政府部门和相关企业等收集特定商品、行业与进出口活动有关的信息。收集的信息涉及商业秘密的，海关应当予以保密。
稽查实施是海关向被稽查人制发《中华人民共和国海关稽查通知书》(以下简称《稽查通知书》)后，通过对被稽查人的进出口货物、账簿、记账凭证、报关单证、报表及有关资料等进行稽核，审查被稽查人有无违法、违规行为。它是整个稽查程序中最为关键的阶段。
实施是整个海关稽查工作中最主要、最关键的阶段，也是海关稽查程序中内容较多、较复杂的部分，这些程序主要有以下几个方面。
1.送达海关稽查通知书
《稽查通知书》是海关在实施稽查前通知被稽查人有关事项的正式法律文书，《稽查通知书》的送达，标志着海关实施稽查程序的开始。
2.表明身份
海关稽查人员开始稽查时，应主动向被稽查企业出示“中华人民共和国海关稽查证”，表明海关稽查人员的执法身份，同时应当说明双方的权利和义务等有关事项。行政执法开始时表明身份，是依法行政在稽查工作中的具体体现，不仅是为了防止他人假冒海关稽查人员，损害被稽查人合法权益，而且还在于体现海关执法的严肃性、权威性，增强稽查人员的责任感。
3.回避
回避制度是当代行政执法中的一项重要制度，它虽然不是每个稽查程序必经的程序，但如果有符合法定的回避情况，应该依法进行。回避制度可以有效保证稽查公平地实施,取得公正的结果,从而维护国家利益和保障当事人的合法权益。
回避按申请人不同可以分为自动回避和申请回避。自动回避是指进行稽查时，稽查人员发现与被稽查人存在利害关系的，主动向其主管领导提出要求回避的中请，是否同意，由稽查主管领导决定。申请回避是指稽查进行时，被稽查人向海关提出申请，要求稽查人员回避。申请回避是否接受，也由稽查主管领导决定。回避的情况应在稽查报告、稽查其他文书中予以证明。
4.稽查权力及相关法律文书
这里的稽查是指依法查阅、稽核被稽查人账簿、单证等有关资料，核实被稽查人与进出口有关的活动是否真实、合法。在这一程序中，海关稽查人员可以法行使相关权力。
