报关后，应该将资料分发其他部门，归档保存。报关资料是办理会计处理、出口退税和外汇核销的必备资料,因此,应该建立资料交接的控制制度和控制表，具体如下：
①海关完税凭证、报关单外汇核销联、报关单退税联应该在取得当天或者第二天提交给财务部门。交接后双方在签收表上签字。
②加工贸易手册、进料加工进口报关单(出口退税免税证明)、手册核销申请表等资料应该在取得当天或者第二天提交给财务部门。
③建立单证交接登记台账。
④编制单证交接月度统计表，由关务管理人员和财务部门的管理人员进行填制。管理规范的公司往往会采用关务管理系统或者内部管理系统，一般中小企业也应制作报关记录表册，这些系统或表格既可以为保存和分析报关信息所用，也可以控制保税手册平衡。报关部门，应该在取得资料后的当天将所有报关记录录入系统。如果是通过记录表的方式记录，应该将更新的记录表提供给关务部门的管理层。
纸质资料是报关、复核的重要资料。海关规定进出口报关单、协议、合同、发票、保险单据、运输单据、进出口收付汇核销单、往来函电、许可证、批件、结汇单、手册复印件及其核销结案表、其他与进出口业务直接有关的单证资料等应当自进出口货物放行之日起保管三年，保税进出口货物、减免税进口货物应当自办结海关手续之日起保管三年。
《海关稽查条例》第七条规定：与进出口活动直接有关的企业、单位应当依照有关法律、行政法规规定的保管期限，保管会计账簿、会计凭证、会计报表和其他会计资料。报关单证、进出口单证、合同以及与进出口业务直接有关的其他资料，应当自进出口货物放行之日起保管3年。
此外，文件和单证的归档应该注意以下几点：适当的分类方法，比如按照业务类型区分并建立相应的文档，分为一般贸易、减免税、保税货物、海关稽查和检查、其他特殊事项等；以报关单为索引排序，所有的单证都与相应的报关单对应；在每个文档上设立清单，记录该文档所有资料；文档保存在固定的文件柜内，而不是具体办事人员的办公桌里面，减少因经办人调离岗位或离开公司后随身带走文档，或造成文档缺失；关务管理人员或其他管理人员定期检查文档的完整性；公司内部其他部门的人经批准后可以查阅报关文档。超过一定期限的资料，如三个月，归入公司公共文档柜。
目前绝大多数企业都已经运用了计算机信息管理系统，如企业资源计划ERP、物资需求计划(material requirement planning，MRP)等，如果能够将贸易和关务的合规性要求直接反映在系统设计中，或者从系统中直接提取海关申报数据和申报报表，将极大减少手工作业中可能产生的错误，以及依靠人工判断产生的差错。
