成本求低廉，存在侧重通关成本、忽视其他物流成本的风险
商品进出口除了商品通关外，还沙及运输、装载、理货、储存等其他物流操作，产生相应物流成本。
跨境传统贸易进出口中，货物通常都是以集装箱、厢式货车、托盘等通用装载方式进出口，从发货地到收货地全程使用同一装载容器，在充分市场化的现代国际物流中，所需办理的物流手续标准公开，产生的物流费用标准公开，即使发生延误赶不上原定航班等意外情况，会有行业通行处理措施，额外产生的物流费用也在行业通行公开，整体物流成本可准确核定。对于跨境运输大批量高货值货物，属于企业重要生产经营活动，将产生不少费用，企业会提前全面核定整体费用和其他成本，纳入企业生产经营成本，确保进出口货物有利可图。
跨境电商零售进出口形成新通关物流流程，产生不同于跨境传统贸易的操作和成本。例如，跨境传统贸易货物查验主要是人工作业，跨境电商零售直购进口商品是使用X光机分拣流水线作业，需要建设分拣流水线和信息化系统；跨境传统贸易货物在口岸临时储存，尽快办结海关手续后提离，跨境电商零售网购保税进口商品进入海关特殊监管区域储存，等消费者线上购买后才办理进口通关手续提离，在海关特殊监管区域储存时间难以确定。跨境电商零售企业应根据自身商业模式选定商品进出口通关模式，分析通关模式涉及的新物流环节，区分自身和物流企业的操作和责任，确定各环节物流费用和其他成本，准确核定全程物流成本。
跨境电商零售是国家大力支持促进的新业态，能享受地方政府财政支持和奖励。例如，有些地方政府对建设跨境电商监管场所区城、投入设施设备、租用仓库等提供资金补贴，导致不同地方存在较大实际费用差别；有些地方政府对在本地开展跨境电商零售业务的企业给予年度资金奖励，业务量越大奖励越多。跨境电商零售企业应全面了解地方财政支持情况，选择适合自身需要的地方开展进出口业务，以整体性长期保持企业营业收入，要避免为了获得短期地方财政资金，不断在不同地方轮换开展进出口业务，这样需要不断适应不同地方差异化操作，不断在全国各地配备培训运营人员，产生额外适应性成本。
