国家自将跨境电商纳入正面监管范围以来，涉及跨境电商进口监管的措施主要对跨境电商进口核心关注点和具体监管要求加以及时精细明确，例如《财政部海关总署国家税务 总局关于跨境电子商务零售进口税收政策的通知》(财关税〔2016〕18号)、《商务部 发展改革委 财政部 海关总署 国家税务总局 市场监管总局关于完善跨境电子商务零售进口监管有关工作的通知》(商财发〔2018〕486号)、《海关总署关于跨境电子商务零售进出口商品有关监管事宜的公告》(海关总署公告2018年第194号)；涉及跨境电商出口监管的措施主要明确原则要求，较少涉及具体监管要求，例如《财政部 国家税务总局关于跨境电子商务零售出口税收政策的通知》(财税〔2013〕96号)、《关于开展跨境电子商务企业对企业出口监管试点的公告》(海关总署公告2020年第75号)。
对跨境电商零售进口实施商品清单监管，规定只有列入《跨境电子商务零售进口商品清单》的商品才能享受跨境电商零售进口税收政策，才能适用跨境电商零售进口监管模式，而不是所有跨境传统贸易商品都能适用跨境电商零售措施；对跨境电商出口没有实施商品清单监管，允许所有符合跨境电商条件的跨境传统贸易商品适用跨境电商措施。在跨境电商监管实际中，监管部门查处涉及跨境电商的主要违法行为，例如虚报贸易性质、偷逃税款、无证到货等，通常发生在跨境电商进口领域，反映出跨境电商监管风险和重点主要在进口领域，需要监管部门严格监管跨境电商进口业务。
跨境电商适用进口和出口的海关监管方式是“电子商务”(代码“9610" )、“保税电商”(代码“1210" )；仅适用进口的海关监管方式是“保税商务A" (代码“1239”)；仅适用出口的海关监管方式是“跨境电商B2B直接出口”(代码“9710" )、“跨境电商出口海外仓”(代码“9810 )。跨境电商零售企业特别是未涉及过进出口贸易的新企业，应确定商品进出境类型，准确选择海关监管方式，避免发生原则性错误；特别注意保税进口监管中，海关监管方式“保税电商"(代码“1210" )可适用于进口和出口，“保税商务A”(代码“1239" )仅可适用于进口。
