目前，除网上银行、电子信用卡等手段之外，利用第三方机构正在迅猛发展起来的支付模式及其支付流程，也可以相对降低网上支付的风险，但第三方机构必须具有一定的诚信度。在实际的操作过程中，第三方机构可以是发行信用卡的银行或有实力的其他企业。使用这种网上支付模式在进行网上支付时，信用卡卡号以及密码的披露只在持卡人和银行之间转移，降低了通过商家转移而导致的风险。
持卡人首先和第三方以替代银行账号的某种电子数据的形式（如邮件）传递账户信息，避免了持卡人将银行信息直接透露给商家，另外也可不登录网上银行界面，只登录第三方机构界面完成交易支付。第三方机构与各个主要银行之间签订有关协议，使得第三方机构与银行可以进行某种形式的数据交换和相关信息的确认。这样第三方机构就能实现在持卡人或消费者与各个银行，以及最终的收款人或是商家之间建立起一个支付的流程。
在网上第三方电子支付交易流程中，商家看不到客户的信用卡信息，从而可避免信用卡信息在网络上多次公开传输的风险。以B2C交易为例：第一步，客户在电子商务网站上选购商品，最后决定购买，买卖双方在网上达成交易意向。第二步，客户选择利用第三方电子支付平台作为交易中介，用信用卡将货款划至第三方账户。第三步，网上第三方电子支付平台将已经付款的消息通知商家，并要求商家在规定时间内发货。第四步，商家收到通知后按照订单发货。第五步，客户收到货物并验证后通知第三方打款。第六步，第三方将其账户上的货款划入商家账户中，交易完成。
20世纪90年代，阿里巴巴、慧聪商情等网站凭借着良好的信息管理、中介服务以及强大的交易平台，将许多B2B商务交易搬到了互联网上。易趣、淘宝、当当等B2C、C2C类网站为网民提供了一个自由购物的平台。在“在线支付”的支持下，网上购物迎来了第三次互联网经济热潮。
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