除了外部因素，跨境电商起步这些年也遇到了一些“成长的烦恼”，简单来说就是进出两旺、内外“双拥”:需求拥戴、通道拥挤。主要是结汇退税、海关监管、查验征税等政策导向，以及商品侵权、交易纠纷、国际物流与通关等方面的问题。
一方面，主要靠商业力量去布局和推进，例如支付收款、侵权纠纷、海外仓、跨境配送等，这些影响市场发展的“运作瓶颈”，只要行业保持稳步增长，越来越多的资本和参与者加入，资源投入、模式创新、跨国合作等方式都会从不同角度逐步改善每个环节。另一方面，更大的不确定性则依赖于政府和法规政策。解决小包货物和零散订单的监管是一个全球性难题，观察旺季各国海关及邮政的积压就知道了。
传统少量的2C 类到个人的包裹或快件，各国进出监管大同小异，电子化程度不高，几乎很少针对自然人的报关和贸易监管，对大宗贸易也没有什么影响，国际贸易历经几百年规则演变也已成熟，一切相安无事。但跨境电商爆发后全球小件包裹一路飙升，可谓量变引起质变，B2B 贸易曾扮演的全球供应链中间角色被B2C侵蚀，个人物品和贸易货物的差异在缩小甚至难以辨别，如果简单地让电子商务绕过传统贸易规则，必然引发外汇、税收、许可、知识产权等一系列问题。
当政府试图新旧手段并用或是去探索新政时，行业发展过速，“政策跟不上市场、市场跟不上需求”，消费者一端已怨声连连。从通关方式看，一般贸易，由于海关采取信用分级、分类通关、无纸化通关等便利措施，各项政策完善，通关效率比较高;而跨境电商B2C模式成交的商品以快件或邮件方式通关，按现行针对个人物品的非贸易性质管理，实际已经突破了传统非贸物品的范畴。说到底，跨境电商还没有绕开贸易壁垒，如果世界真的“天下大同”，那么做跨境电商岂不是跟国内做电商一样容易了。
出口方面，B2C直邮销往国外个人的出口商品，电商成交和结汇、报关、商检、退税等环节无法连通，拖累效率。例如，由于产品订单零星，单笔交易金额较小，且通过跨国快递或航空邮件递送，达不到海关报关价值，或很难拿到海关正式报关单，所以出口时大多不报关，海关仅对其进行上机检验和随机抽检，无法按照经常项目联网核查，且交易物品从全国各地海关属地出境，无法实现单货相符。
而没有海关的出关数据记录，外汇管理部门就无法验证货物真实出口，也就无法实现外贸核销和结汇，政府少了一块贸易统计，而卖家也就无法按常规途径结汇退税。到了境外，各国海关对小额贸易监管也很复杂和困难，小件征税、侵权抽检、走私查验等工作量加重，通关效率低。
进口方面，国内居民对于跨境网购涉及的热点商品的需求强烈，而B2B 和 B2C 适用于不同税率，但终端的小商户和个人难以区分，在不同交易模式下，国内市场“境外化”，传统监管方式难以满足税费认定，部分电商存在逃漏税问题。
脱离贸易税，大规模行邮进口影响贸易公平，冲击国内市场，政府在税收收入方面获利甚少。如海外购中，一些企业或个人伪报物品品名、夹藏、伪造购物小票，利用晚间进行通关，试图逃避关税，还有的利用分散到各地邮寄的方法，防止批量邮寄产生联号而招致海关怀疑以此避税。
同样，跨境贸易的双方分属两国，小包裹给商检工作也带来了极大挑战，检验检疫机构难以全面获取商品和交易等数据，监管查验不足便会直接到达消费者手中，查验侵权行为的难度加大，用户退换货权益难以保证。这些都还需要管理部门权衡考虑，研究建立配套制度和高效手段。
此外，由于跨国交易没有地域限制，出现售后服务质量差、交易欺诈和网络隐私权等问题，有些消费者很难进行维权，卖家也可能因为买家的收货欺诈而遭受退款或重发的损失。这涉及了跨境电商的法律管辖问题，面对不同国家的客户。商家和平台，网购纠纷的责任界定对于卖家或买家权益保护方面还有争议。
这些年互联网创业最流行的说法是“哪里有问题、哪里就有机会”,监管的模糊阶段正是市场野蛮生长的初级阶段，政策时不时来点利好之风。随着政策日益明朗、平台扮演强势规则管理者、物流业提供全程追溯等措施的到位，上述问题确实在渐渐消融。
