国务院办公厅发布的《贯彻实施质量发展纲要2016年行动计划》，明确指出加强对跨境网络交易中邮递、快件渠道的监管，严厉打击利用电子商务平台以及跨境电子商务中邮递、快递渠道实施的走私违法活动和通过“蚂蚁搬家”等方式进出口侵权假冒商品的违法行为。
海关作为跨境电子商务监管链条的关键环节，在跨境电子商务政策制定上有着较高的权力。近年来，海关已经通过出台多项举措来保证跨境电子商务快速发展。如海关对跨境电子商务监管实行全年365天无休息日，货到海关监管场所24小时内办结海关手续，开展跨境电子商务监管业务的海关制定了联动工作作业机制、应急预案和全年无休日跨境电子商务通关总体工作方案等，加大海关便捷措施的宣传力度，全面落实有关要求，确保电子商务企业充分享受通关便利。
中国海关针对跨境电子商务零售进出口，在建立适合跨境电子商务发展的管理制度、监管模式和信息化系统建设等方面进行了有益的尝试，探索出一系列新理念、新模式和新手段。概括起来是“一个理念，两个平台，三单对比，四种模式，五大举措”，即始终坚持一个包容、审慎、创新、协同的理念;联通海关监管平台与跨境电子商务企业平台两个平台;实现交易、支付、物流三方数据与申报信息三单比对;试点网购保税进口、直购进口、一般出口、特殊监管区域出口四种监管模式;实施正面清单管理，征收跨境电子商务税，实施清单申报，创新退货监管，实现申报信息和扫描图像同屏比对五大举措，确保有效监管。
海关总署发布的相关跨境电子商务政策包括:《关于跨境贸易电子商务进出境货物、物品有关监管事宜公告》《海关总署关于增列海关监管方式代码的公告》《关于加强跨境电子商务网购保税进口监管工作的函》《海关总署关于天津市开展跨境贸易电子商务服务试点工作的报告》《关于跨境电子商务零售进出口商品有关监管事宜的公告》《关于跨境电子商务进口统一版信息化系统企业接入事宜公告》《关于增列海关监管方式代码的公告》等。
为加快跨境电子商务商品的通关速度，中国海关为跨境电子商务量身打造涵盖“企业备案、申报、征税、查验、放行”等各个环节的无纸化流程，实现了通关手续的“前推后移”。2016年4月7日，海关总署发布了海关总署公告2016年第26号《关于跨境电子商务零售进出口商品有关监管事宜的公告》，确认了不同参与者向海关发送相关数据的义务。在B2C 电子商务进口报关前，电子商务平台公司、金融机构、物流公司应当通过海关总署开发的跨境电子商务进口统一版系统，分别向海关发送交易、支付和物流的“三单”电子数据，以便海关提前对商品名称、价格、运费、购买人实名信息等数据进行比对。在海关注册登记的电子商务企业、电子商务交易平台企业或物流企业作为税款的代收代缴义务人，在向订购人收取税费之前代为履行纳税义务。
