资金流是物流实现最终利润点所必备的环节，所有的服务都要通过最后的资金流来体现差额利润。资金流的风险是最大的，前面做得再妥当，如果收不回应该收取的费用，那么也会变成最大的失败。资金流的风险主要包含以下三种：应收账款的风险、代垫费用的风险、汇兑损失的风险。
应收账款的风险：应收账款是货代公司利润的主要依托点，扣除付给承运方的运输费用及其码头的杂费，剩下的就是货代公司的利润。如果应收账款收不回来，损失的不仅仅是利润，还要承担承运方的运输成本，这部分会远远高出利润。所以说应收账款的风险也是所有风险中最大的，有“赔了夫人又折兵”的意思。
一个企业对坏账的承受能力是有限的，这要根据企业的规模来确定，小的企业可能因为几票应收账款就会陷人倒闭的境地；大的企业客户多，总体利润能够支撑一些坏账，所以一般大的企业都会有坏账准备。由于市场因素的原因，客户多了，自然也就会存在一些坏账。
坏账也是对诚信的考验，现在越来越多的货代公司都已经在通过实行付款以后给提单的措施来减少坏账。因为提单是物权的保障，只有控制了提单才能真正地控制物权。一直流行的扣核销单进行月结的手段的约束力已经越来越小了，加之核销单根据法规来说货代业务员是无权扣押的，所以对于货代业务员来说能够给自己保障的就剩下提单了，行业的风险也就越来越大，诚信也就越发的可贵。
其实提单也就只是针对海运货物而言，相对空运货物提单的约束力很小，空运只要知道提单号码就可以提货了，所以空运所承担的风险比海运更高。
代垫费用的风险：货代公司在整个货物的运输过程中，多多少少会产生一些代垫的费用。例如，出口的报关费、港口的港杂费、进仓时有时会帮助客户代垫进仓费，进口的代垫费用更多(换单费、报关费、报检费、堆村费、过磅费)，甚至有时还会帮助客户代垫进口的税金。费用是代垫的，而且很多代垫的费用没有正规的货运发票，如果遇到一些不明理的，肯定就会存在风险，需要客户愿意承认这个费用是实际发生的，否则货代业务员只有“哑巴吃黄连，有苦说不出”了。
汇兑损失的风险：汇兑损失在货代工作里面主要是针对海洋运输的，因为航空运输结算的是人民币，所以不会有这方面的损失。海洋运输是以国际通用货币美元来结算，或者做到门条款的时候会根据各个国家的币值不一样以外币结算，由于结款时间的不同、汇率的变化，中间就会产生汇兑损失。船公司为了避免这个损失，所以在海洋运输过程中用货币贬值附加费(俗称CAF：Curreney Adjustment Factor)来规避这个风险。
货代属于服务行业，并没有一种固定的调节手段来规避这类风险，就会因为付款和收款的时间差产生损失，并且美元账户上面的流动资金也会由于时间产生这方面的损失。例如，人民币增值很快的2008年，有些货代公司在汇兑损失上一年就是几十万元。货代公司对于汇兑风险的防范只能是让外汇尽快流动、即时兑换，尽可能人为地控制减少这方面的损失。汇率的变动不是完全损失的，有时也是增值的，所以这部分是利弊共存。
