1.部门之间的信息共享和交换不畅
报关部门实际是一个“窗口”，企业的信息由此报送到政府部门。报关部门自身不会产生信息，只有从其他部门或者公司内部管理系统中获取相关的信息。如果报关部门不能从其他部门及时获得准确的信息，或者不能从企业资源计划(Enterprise Resource Planning，ERP)系统中获得相应授权去获取信息，其申报的数据就会失真。
另一方面，如果采购、销售、物流部门不能从报关部门获得海关和其他政府部门的申报要求，则可能因资料准备不充分而最终导致装船延误、收货或者发货延迟。其他部门对海关监管要求不清楚，会导致公司内部海关监管货物的管理不能符合海关的监管要求，如擅自处理减免税设备和保税货物等。
2.报关部门内部控制混乱
报关部门内部不同人员职能没有分离，缺乏有效的授权管理制度，其结果就是某些关务人员的权力过大且失去控制。当然，站在关务人员的角度来看，混乱的内部控制制度会使得关务人员觉得没有有效后备支持，工作积极性自然备受打击。
报关部门内部对报关人员的考评和考核没有依据，管理层也只问“结果”不管“过程”，只要求报关顺利、核销顺利，降低纳税成本。在这种考核模式下，将关务人员的职责由“如实申报”转变为“省税避税”，其往往会避重就轻，粉饰风险，深埋“地雷”，只考虑当前的利益而忽视长远风险控制。
3.单证资料和报表的管理不完善
报关部门的报关单证往往是其他部门的重要凭证，如报关单是办理出口退税和外汇核销的关键凭证。有些企业没有建立有效的单证流转和交接流程，报关单证往往会在流转中丢失，或者滞压单证超过有效期限，致使无法办理税务和外汇手续，造成不应有的损失。例如，有些企业报关人员离职后，企业才发现一批进口报关单“失踪”了，致使外汇一直无法支付。
有些企业报关部门没有建立内部作业台账、内部管理报表，管理层无法及时了解关务的执行情况，也无法判断关务方面存在的问题和合规性风险。
4.关务方面的内部复核和内部审计制度不完善
有些企业对申报过程缺乏有效的复核制度。许多企业关务人员之间的分工都是每个人从事不同领域的报关，相互之间没有交叉复核。这样许多差错和遗漏都无法及时发现，只能依赖报关企业的报关人员来复核发现，但报关企业的报关人员每天要处理的单证非常多，对企业的商品和交易不如本企业的工作人员熟悉，因此，错误和遗漏经常不能被及时发现。
大多数企业都有内部审计和外部审计制度，但是这些审计大多覆盖一些常规的财务、会计和其他业务。国内企业的内部审计制度有两个来源：一是沿袭原有国有企业的内部审计制度；二是沿用外国跨国公司的内部审计制度。这两个内部审计制度，前者会忽视关务方面的审计，而后者无法适用于国内关务的复杂性。
