在对外贸易操作中，信用证虽有风险小、能处理 T/T 部分问题等显著优点，易被买卖双方接受，但它并非十全十美，存在一些缺陷，需要在工作中仔细权衡。
手续复杂繁琐问题
信用证手续极为复杂，比其他付款方式麻烦得多。其涉及信用证申请人、开证行、通知行、信用证受益人，偿付行负责向受益人付款，议付行常为开证行。整个流程中，从开证到受益人收款，中间环节众多。
而且交单收款过程复杂，要考虑单据一致性、是否有不符点、客户对不符点的接受情况、“软条款” 问题以及是否需要修改信用证等。这种复杂性对出口方和单证人员能力要求极高，审证必须严谨，稍有疏忽就可能给公司带来巨大损失。因此，不少公司对信用证付款方式存在抵触，更倾向于 T/T、D/P 等更灵活的方式。
“软条款” 问题
信用证的 “软条款” 危害极大。不过，在实际业务中，故意设置 “软条款” 的情况较少。多数情况下，条款矛盾是单据与客户要求冲突，或信用证要求的单据供应商无法提供，此时需与客户协商修改。
单证人员审证要仔细，有争议必须提前和客户沟通修改。特别是光票信用证中，若客户要求供应商将提单正本另寄或电放，需格外小心，否则客户可能以物权凭证与其他单据不符拒付，导致供应商损失惨重，所以审证环节务必前置。
不符点问题
在信用证操作中，不符点难以完全避免。实际操作里，单据和信用证规定的任何差异都算不符点，哪怕是一个字母或标点，银行都可能据此扣款。每个银行对不符点收费标准不同。不过，不符点扣款一般只有一次。
若出现严重问题或银行难以判断的情况，银行会暂停付款并与客户确认，若客户不接受不符点，银行可能拒付，大部分风险由出口商承担。出口商虽可申诉，但银行只提供专业意见，决定权在客户。对于大订单，尤其是分批出运或需要转运的情况，信用证条款复杂，易产生不符点，出口商仍面临风险。
