跨境电商进口税务风险主要是指由于税务政策的调整，对跨境电子商务进口商产生的税务成本上升的风险。
之前我国跨境电商进口行业准入不规范、代购主体参差不齐、税收形式单一等问题，加上各地在执行过程中“分而治之”，导致跨境电商进口的“低价爆款”现象频发。对此，财政部、海关总署、国家税务总局于2016年4月出台了“四八新政”。新政自发布后，给跨境电商进口市场带来巨大冲击，商务部分别于2016年5月11日、11月15日两次延长新政过渡期到2017年年底。之后又多次进行调整，逐渐营造了一个公平的市场环境。
新政具有三个特征:一是增设税种，由新政前的单一行邮税调整为行邮税、关税+增值税+消费税并存;二是提高单次交易限值，将行邮税政策中的1000元提高至2000元(2019年1月1日上调为5000元);三是增设交易限额，即单次交易超过2000元(现上调到5000元)或个人年度累计超过20000元(现上调到26000元)，将按一般贸易方式全额征税。因此，新政的实施意味着我国跨境电商进口的“政策红利”终结，对用户和跨境电商商家都造成了不小的影响及风险。
首先，直接风险为成本增加、商品售价提高、利润摊薄，无论是个体消费者还是电商平台都要认真算算成本和售价了。跨境电商在2014年大规模兴起后，在国家海关税率政策不明朗的情况下，利用灰色地带，攫取了不少利润。对跨境电商这一新事物，国家一直按照行邮税进行清关、50元以下免税的政策，让不少电商平台和商家钻了空子。但是依据“四八新政”，当前在大众生活中的热销商品(如食品、保健品类、母婴商品等)不再按之前 10%的行邮税标准纳税，而是按11.9%的税率纳税，增加了消费者的购买成本，压低了跨境电商商家的利润空间，商家们再想钻政策的空子是不可能了。
其次，间接风险表现为面临经营产品结构调整带来的市场风险。原有的低价爆款商品面临税收成本的大幅提升而无法经营，因而需要开发新产品;“四八新政”实施之前50元以下免税额商品居多,“四八新政”实施之后，新的税率使得这些低价商品的利润降低，而对于价格较高的商品类别，如化妆品，尤其是百元以上化妆品，“四八新政”实施前的税率为50%,“四八新政”实施后的税率为32.9%。税改后，高价化妆品所需缴纳的税额反而下降了，利润空间大大提高，这一改变间接促使商家改变销售策略，调整经营品类，同时也将面临因调整经营结构带来的新的市场风险。
最后，“四八新政”将跨境电商进口商品交易缴税归到一般贸易模式征税制度下。跨境电商企业所面临的问题是正面清单与通关单。“正面清单”的实行，大幅限制了跨境商品进口品类。“四八新政”则要求进口商品税号需要满足前置审批条件才能获取“进口通关单”，但若国内外产品特性或者工艺标准不同，导致跨境电商企业无法及时提供通关单要求的各项材料，就会延长许可证的办理时间，使得进口商品通关进程放缓，影响跨境电商企业的商品进口业务。
此外，保税商品监管模式的改变，使很多保税区出现了保税仓库空置，部分跨境电商平台也因此出现了补货难的局面。跨境电商企业业务范围的缩小，也会使仓储行业陷入困境，导致前期的资金投入无法得到有效的利用，造成资源的浪费，相关开展保税业务的企业或将面临损失。
