随着跨境电子商务的发展，跨境电商平台、跨境电商物流、跨境支付等综合外贸服务也迅速发展。近年来，贸易便利化程度有了很大的提高，但在商品、物流、海关清关、法规等方面也存在一些问题，成为制约跨境电子商务发展的重要因素。
1．商品同质化严重，品牌意识不强。
跨境电子商务的迅速发展吸引了大批商家的涌入，行业内的竞争加剧了，许多跨国电子商务公司都在销售一些热款和利润大的商品，导致商品同质化严重，甚至出现了恶性的价格战。跨境电子商务的发展在很大程度上依赖廉价商品来吸引消费者。大多数跨境电子商务企业还没有进入品牌建设阶段，知识产权意识还不够，导致许多商品由于知识产权问题而不能出口。
2.清关结汇困难，物流时间长。
随着跨境贸易向小批量分散的逐步发展，小规模贸易中存在着一些问题，如清关速度慢、外汇结算不规范化、退税难等问题。虽然国家目前对跨境电子商务零售出口实行"清单核实和简要申报"的清关模式，但该政策仅针对B2C企业，大量从事小B2B的中小型外贸企业仍存在清关困难。在进口过程中，存在一些问题，如进口商品的质量难以区分，消费者的权益得不到保障等。
3．信息网络安全体系不完善
电子商务的运行涉及到资金安全、信息安全、货物安全、商业秘密等诸多安全问题，尤其是网上支付结算的信息安全和可靠性，一直困扰着电子商务的发展。网络安全是电子商务发展的基础，网络传输的错误代码和网络连接的故障率应尽可能低。目前，我国的一些电子商务网站在安全体系中没有得到加强，容易受到计算机病毒和网络黑客的攻击，给电子商务的发展带来了许多安全隐患。
跨境电子商务也面临交易安全的挑战。在跨境电子商务活动中，合同、价格和其他信息事关商业秘密，而网络病毒和黑客会导致商业欺诈、伪造文件等行为。许多外贸公司不敢在网上注册或结算交易，这严重影响了跨境电子商务的发展。
4．电子商务法律制度不完善
虽然国家出台了一些跨境电子商务的政策法规，但在跨境电子商务税收、网上纠纷解决、消费者权益保护等方面仍然缺乏法律法规。跨境电子商务是一项复杂的系统工程，不仅涉及贸易双方，还涉及不同地区和国家的工商管理、海关、保险、税务、银行等部门。
