以价值网为基础，协同合作有别于传统制造过程中一般的合作或协作活动，其主要的系统性特征如下。
(1)基于价值网的协同合作以市场化、国际化、信息化、多元化为主要背景，对外部环境的良好适应性是其首要特征。
(2)追求“共赢”和系统总体价值最大化。整体性是一般系统的基本特点和要求，协同合作既关注制造商及其核心制造活动，更强调包括制造商在内的多主体的协同作用及与各个制造环境类及环境域的交互作用，因而必须以综合协调和总体优化或满意化为基本的组织目标。
(3)由于内外环境的变异及由此引发的协同合作环境的变化，使得协同合作具有并强调动态性、灵捷性及综合柔性，并且形成了其本质特征之一。同时，协同合作是一个渐进的过程，应有多种模式或实现方式。
(4)协同合作中的合作对象从形式上或表面上看是价值网中的各类行为主体，实质上是各主体所具有的核心能力。对其各类资源的有效运作与集成，就成了协同合作管理的基本任务。这也反映了现代制造和现代管理的基本趋势。
(5)协同合作系统的开发与运行以各基本成员(企业等)的自组织为主,并以此为基础，但从总体性、目的性、有序性、高效性等系统性要求出发，也强调政府等协调方作用的有效发挥。
价值链系统是含有各种企业网络协作活动的庞大系统，它的组织和运行表现出了极大的复杂性，既要适应市场变化和新产品的经营机遇，又要基于新产品的经营过程，建立起面向订单或任务的企业协作团队;为了加入并切实融入企业群协同联合体,企业需要在内部组织、信息的管理和开放、通信协议、人员素质等方面满足一定的要求。同时，所有参与协同联合体的成员还要按照协同行为协议认可共同的协作规范。因而，在价值链系统中，它的组织、环境、信息平台等方面存在着巨大的复杂性。
另外，扩散理论(DiffusionTheory)、媒体富度理论(Media Richness Theory )、任务技术匹配模型(TaskTechnologyFitModel)、社会认知理论(Social Cognitive Theory)、建构主义理论(StructuringTheory)、协同商务理论(Collaborative Commerce Theory)等也可以从不同视角解释跨境电子商务的运行与发展。
