海关核查一般程序主要围绕实地核查的要求进行设计，通过比对，原海关核查与原检验检疫核查在实地核查程序环节上大体相同，均包含了指令制发、核查准备、核查实施与核查反馈及处置四个基本环节。
(1)指令制发
在具体程序设计上建议考虑以下几点内容:核查指令规范化管理、核查指令分级分类、简化审批层级、明确指令在各流转环节退回的标准和权限。
(2)核查准备
①核查组组成。系统双随机指定，综合考虑人员资质能力，并严格遵守公务回避原则。
②核查方案制作。对于核查指令比较单一、规范、清晰，工作内容比较简单的核查任务直接执行。对于复杂程度较高的需制作核查方案。
③核查通知。为保护行政相对人的合法权益，“核查通知”为必要程序。核查通知的方式可以采取“互联网+稽查”工作平台通知、书面通知、电话通知、当面口头通知等多种方式。在特殊且必要情况下，经审批后可以不经事先通知直接实施核查。
(3)核查实施
①明确核查职权。核查人员根据工作需要，依法行使查阅或复制被核查人账簿单证资料、检查货物和生产经营情况、询问有关人员与业务有关的情况、查询被核查人存款账户(实施关税核查时)以及抽样送检等职权。涉及检验检疫业务的还可以实施查封场所或者扣押货物(经本机构负责人批准)等职权。
②规范证据采集。可采取现场拍照、录音录像等电子化取证手段，非必要情形不采取纸质证据采集。对于部分需要后续进行资料整理的核查作业，比如涉及库存盘点、数据统计等的核查事项，参照稽查证据标准采集证据。对不涉及后续数据处理统计的情形，可运用单兵作业装备直接拍照上传。
③引入第三方中介。明确需要且可以引入第三方中介的核查事项范围，通常是对技术要求高、诉讼风险大和难以达成一致意见的核查事项引入第三方中介参与认定。第三方中介认定时间，不计入核查作业时限。
④专业技术支持和专业认定。核查期间需要进行归类、价格、原产地认定以及化验、检验等专业技术支持和专业认定的，核查组可以要求被核查人提供专业认定所需的有关单证和技术资料，必要时，核查组可以对被核查的货物进行取样和送检。专业技术支持和专业认定时间，不计入核查作业时限。
(4)核查反馈及处置
①核查结果反馈。为保证核查工作的闭环管理，核查结果反馈是必备程序。核查结果反馈建议由核查部门反馈指令来源部门。
②核查处置。关检融合后，核查处置的方式更加多样化，包括单独追补税、现场整改、限期整改、退运、销毁、索赔、召回、现场简易处罚移交法制部门实施一般处罚、信用降级、取消资质、风险预警、移交相关部门等一系列措施。
③核查结果告知。一是作出单独追补税和责令整改等处置决定的核查作业采用书面形式或互联网形式告知企业；二是作出处置决定但核查结果符合监管要求的核查作业采用双方在作业记录单上签名确认的形式视同告知企业。
