完善的稽查执法程序，是新《海关稽查条例》《〈海关稽查条例〉实施办法》的重要亮点。新《海关稽查条例》《〈海关稽查条例〉实施办法》通过科学的程序设计，可有效防止执法人员不作为、乱作为。主要程序包括：
一是完善查告知制度。新《海关稽查条例》《〈海关稽査条例〉实施办法》规定的告知内容包括告知稽查的实施、告知被稽查人的权利、告知稽查结论，同时还特别规定发现被稽查人涉嫌违法或者少征、漏征税款的，应当书面征求被稽查人意见，充分保障了被稽查人的知情权、陈述权、申辩权以及寻求法律救济等权利。
二是明确回避制度。新《海关稽查条例》规定，海关进行稽查时，海关工作人员与被稽查人有直接利害关系，应当回避；新《〈海关稽查条例)实施办法》对回避制度进行细化规定，确保回避制度落到实处。
三是强化监督制约机制。新《海关稽查条例》明晰了内部层级核批制度，将海关行使重大稽查职权的内部核批由“经海关关长批准”明确规定为“经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准”，同时还进一步完善了海关稽查执法资格制度和双人作业制度等，规范执法行为，强化监督制约。
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