选择入境口岸，即选择属地海关、监管区及配套等，要根据不同的国际段运输线路、清关资源、不同进口主体、HSC及申报价值、对应时效的腹地配送等条件而定，且要考虑用多口岸布局来降低清关通道受阻的风险。目前，海关总署有直属42个关区下辖的数百个外贸通货口岸。多口岸选择的另一个重要因素与空运直航的运价及配送有关。
在跨境进口兴起的一段时间内，存在渠道混乱、不同关区监管尺度不一的问题。对于消费者而言，有时可能会觉得货物没有经过清关就收到了包裹，那是因为不同物品涉及的清关方式不同，所需手续、时间、缴纳的税费也不同。比如有些物品(如文件)在清关时无须收件人提供单据，所以清关快且无须缴纳任何费用，就会给人“无须清关”的错觉。选择的入境口岸最好能支持多种清关方式。
全球都在因为跨境包裹激增而严控进口清关。我国在电商进口领域以政府为主导，给新生事物发展创造了空间，保持一定的监管弹性，同时防范了系统化风险。传统的监管手段也在升级，海关总署上线跨境电商进口统一版系统，在大数据与互联网技术的基础上，自上而下对全国每个口岸系统数据进行统一监管。企业对其向海关所申报及传输的数据承担法律责任，对清单、申请单、入库明细单等电子单证进行数字签名加密。
发达国家对跨境包裹的监管普遍较为简单，统一税制，只设定一个低值货物(Deminimis Threshold)的免税政策，低于该货值的可以免税，超过该货值的就进行征税，但对于进口医药等消费品很严格。《中华人民共和国电子商务法》2019 年正式施行，明确包括海淘、代购在内的所有电子商务经营者都必须依法办理市场主体登记，依法取得相关许可并纳税。第71条:国家促进跨境电子商务发展，建立健全适应跨境电子商务特点的海关、税收、进出境检验检疫、支付结算等管理制度。这里明确了跨境电商的税制和合法地位，也为代购跨境供应链开辟了一条合规转型新路。政策会兼顾多种进口渠道平衡，当行邮税率下调时，一般贸易税及跨境综合税也同步调整。
