海关稽查核查的目的在于规范进出口企业的经营行为，海关监管要求是进出口企业合规经营的核心要素，因此，电商企业的认证标准构成电商合规体系的主体框架，同时体系建设包括了申报前、中、后环节的合规管理等。
(一)事前合规管理
1.备案管理
确认电商平台网站ICP与EDI证书，确认跨境电商平台和电商企业的交易网址(网站、APP、微信小程序)的真实性、交易流程合规性，对相关贸易单证、供应链、销售数据进行穿透性测试;确认支付企业“金融许可证”或“支付业务许可证”等相关证件有效期限;确认物流企业“快递业务经营许可证”等相关证件有效期限。
2.促销报备
落实促销报备管理制度，企业在促销前应向主管地海关提交促销申请，并加盖印章。就促销商品种类、数量、价格、折扣力度、促销时间、预计单量等进行说明，临期商品需特别注明保质期。
(二)事中合规管理
1.单证审核
针对不同的税则号列、不同品牌的商品，确定其合理的价格区间段，对显著低于该价格区间的商品制定合理的人工审核比例。平台向海关推送的订单品名(非申报清单品名)往往是直接读取网页字段，因此销售网页的异常可以直接表现在订单品名中。加强对此字段的排查，设置对某些关键敏感词(例如，测试、勿拍、残次等)的自我审核可以有效规范跨境电商平台的销售行为。
2.实货管理
加强跨境电商账册的盘库，采用定期全面盘库和不定期抽样盘库等形式，按需引入第三方中介机构参与，防范擅自出区货物“账册盲区”。
(三)事后合规管理
根据《海关稽查条例》第二十六条第二款的规定，“与进出口货物直接相关的企业、单位主动向海关报告其违反海关监管规定的行为，并接受海关处理的，应当从轻或者减轻行政处罚”即“企业主动披露”。
海关总署公告2022年第54号《关于处理主动披露涉税违规行为有关事项的公告》明确了涉税违规行为主动披露的适用规则，即自涉税违规行为发生之日起六个月内向海关主动披露的；自涉税违规行为发生之日起六个月后一年内向海关主动披露，漏缴、少缴税款占应缴纳税款比例30%以下的，或者漏缴、少缴税款在人民币 100万元以下的，不予行政处罚。
