在出口退（免）税的相关程序中，备案单证的管理是一项重要且细致的工作。它对于保障出口退税的合规性以及税务机关的有效核查起着关键作用。
（一）备案单证的留存与目录制作
纳税人应在申报出口退（免）税后 15 日内，妥善留存以下备案单证，并按照申报退（免）税的时间顺序，制作出口退（免）税备案单证目录，同时注明单证存放方式，以便税务机关进行核查。
购销合同类：包括出口企业的各类购销合同，如出口合同、外贸综合服务合同、外贸企业购货合同、生产企业收购非自产货物出口的购货合同等。这些合同是出口业务交易的重要凭证，记录了买卖双方的权利和义务。
运输单据类：涵盖海运提单、航空运单、铁路运单、货物承运单据、邮政收据等承运人出具的货物单据，以及出口企业承付运费的国内运输发票和承付费用的国际货物运输代理服务费发票等。运输单据是货物运输过程的证明，对于确定货物的运输轨迹和费用等信息至关重要。
委托报关单据类：包括委托报关协议、受托报关单位为其开具的代理报关服务费发票等。在出口业务中，委托报关的情况较为常见，这些单据是委托关系和服务费用的证明。
若纳税人无法取得上述特定单证，可用具有相似内容或作用的其他资料进行单证备案。除另有规定外，备案单证由出口企业存放和保管，不得擅自损毁，保存期为 5 年。需要注意的是，纳税人发生零税率跨境应税行为不实行备案单证管理。
（二）备案单证的留存方式
纳税人可以自行选择纸质化、影像化或者数字化方式，留存保管上述备案单证。选择纸质化方式的，还需在出口退（免）税备案单证目录中注明备案单证的存放地点。这种多样化的选择方式为纳税人提供了便利，同时也适应了现代信息技术的发展趋势，提高了单证管理的效率和灵活性。
（三）税务机关查验时的要求
税务机关按规定查验备案单证时，若纳税人选择影像化或者数字化方式留存单证，当需要将其转换为纸质化备案单证以供查验时，应在纸质化单证上加盖企业印章并签字声明与原数据一致。这一要求确保了在不同形式的单证转换过程中，数据的真实性和一致性得到保障，维护了税务核查工作的严肃性和准确性。
