国内常见的代理出口实际上是三方贸易关系。外贸卖家(这时应理解为出口代理商的货物供应商)把货物内销卖给出口代理商，然后出口代理商再把货物出口卖给外商。尽管订单是外贸卖家与外商直接洽谈的，货物也可能直接从外贸卖家仓库拉到码头，但出口代理各主体间的法律关系与往来文件须符合之间的关系。
与此贸易关系对应的是，外贸卖家作为内销卖方必须开具增值税发票给出口代理，外贸卖家向税局缴纳增值税。此增值税税款部分可用外贸卖家从供应商处得到的增值税抵扣而不必缴纳现金，出口代理商再按发票金额支付货款至外贸卖家。
同时，外商的款项必须汇至出口代理商，整个出口手续都以出口代理商的名义办理(注意出口商检是对生产商进行检查而非针对代理商)，退税也是退到出口代理商的账户上。退税是从出口代理商支付给外贸卖家的人民币货款中补偿给生产商的。出口代理商收到的外汇结汇与退税之和，必定大于支付给外贸卖家的货款，这中间的差额就是出口代理商的手续费。外贸卖家不必再向出口代理商支付费用，故出口代理商不会开具手续费或服务费发票给予外贸卖家。
值得注意的是，在这种模式的出口代理项下，被征增值税与拿到退税的不是同一家企业。例如服装的退税率是征17%退16%，即外贸卖家如果是一般纳税人，那么外贸卖家会被征17%的增值税，而出口代理商会拿到16%的退税。当然，由于外贸卖家有供应商的进项发票，实际操作中不需要全额缴纳17%的税款，而只需缴纳扣抵后增值部分的税款。
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