商品从境内进入海关特殊监管区域或保税监管场所视同出口，填报出口报关单，办理出口结关手续，可取得出口报关单证明数据，办理出口收汇和退税手续。商品需要返回境内视同进口，应按照退运货物进口，提交未退税证明或补退税证明，申报退运进口报关单，办理退运进口手续；或者按照一般贸易货物进口，申报一般贸易进口报关单，提交监管证件，缴纳进口税费，办理一般贸易进口手续。
商品进入海关特殊监管区域或保税监管场所时属于等待销售状态，尚未完成跨境电商零售出口交易，没有确定购买交易主体，没有确定最终进出境流向。如果市场需求旺盛，全部都销售出境，就没有商品需要返回境内，如果市场需求疲弱，未全部销售出境，部分商品就会留在海关特殊监管区域或保税监管场所，需要返回境内，避免企业资产流失。未销售商品按退运货物进口，需要企业提交证明材料，办理退运手续，操作烦琐，工作量较大；按一般贸易货物进口，需要企业缴纳进口税费，甚至要提交监管证件，承担更多通关成本。
为了解决商品返回境内问题，部分海关创新管理措施，允许商品先入区存储，销售出境后汇总归并申报入区出口报关单，办理入区出口手续，未销售商品可直接返回境内，不需申报进口报关单，通常适用通关信用等级高的企业。
跨境电商零售企业应主动保持良好通关信用，避免发生影响通关信用的行为，争取能享受便利管理措施；主动调整信息化系统，及时清点入区商品，准确传输商品入区和出区信息，即时报告入、出、转、存等环节的异常情况，配合海关做好区内商品管理；未能享受便利管理措施的，应谨慎评估境外市场对商品的需求变化，合理确定与市场需求相匹配的商品数量，宁少勿多运输入区商品，尽量减少剩余商品数量；应建立退货商品流程监控体系，充分利用互联网信息技术，准确记录商品流程环节操作，保证退货商品为原出口商品，争取适用跨境电商出口退货监管措施，避免企业资产流失。
