海外仓要保管好的清关申报、报税留档信息，保证申报与销售的物品的价值对应，因为后期还要面临税务局的审计问题。如果税务局从电商平台得到直发货的销售数据与申报货物的价值不符，或者商家故意延误、错误或虚假报税，都会受到税务执法部门包括追缴、罚款及货物查封等不同程度的处罚。申请 VAT和EORI及日常报税，并不需要注册本地公司，可委托境外专业税务代理人申请及合理正常报税。
直邮包裹的税务风险是最小的，许多跨境电商的高毛利就来自于直邮免税，不超过一定限额的包裹无须做 VAT申报，超限邮件也是买家自己承担进口税。从欧洲海外仓发货，不管企业选用的是FBA还是第三方海外仓,都需要在货物存储地注册VAT并做税务申报,在一国注册VAT 可以在其他欧盟国家清关，但货物仍要转到该国存储和销售。有些商家为了规避货物在当地直接清关时被扣税，试图从其他国家中转，这是不可行的，配送到欧洲其他国家是否需要在当地再注册VAT,取决于卖家是否超过远程销售额。欧洲提高了关税门槛，矛头直指跨境电商，提出更严苛的零门槛税务规范，而且抓住电商平台这个“牛鼻子”，要求卖家必须在listing中展示VAT税号，否则线上封号禁售、款被冻结，线下物流亦“拔出萝卜带出泥”不能幸免地被连带扣货查封。
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