加入马德里体系的国家和组织被统称为缔约方。通过本体系，只要取得在每一被指定缔约方均有效力的国际注册，即可在数量众多的国家中保护商标。
只有因营业所、住所或国籍而与《马德里协定》或《马德里议定书》有联系的自然人或法人，才能提出国际注册申请(国际申请)。只有在商标已经在申请人与之有必要联系的缔约方的商标局(称为“原属局”)进行注册的情况下，方可对该商标提出国际申请。不过，如果所有的指定均依据《马德里议定书》作出，国际申请可仅以向原属局提交的注册申请为依据。国际申请必须通过原属局提交给世界知识产权组织国际局。
国际申请中必须指定一个或多个被要求给予保护的缔约方。之后还可作出进一步指定。被指定的缔约方必须与主管局为原属局的缔约方是同一条约的成员。后一缔约方本身不得在国际申请中被指定。
对某一缔约方的指定，既可依据《马德里协定》作出，亦可依据《马德里议定书》作出,具体取决于有关缔约方共同参加的是哪个条约。如果两个缔约方同属《马德里协定》和《马德里议定书》的成员，指定将受《马德里议定书》的约束。
不论国际申请受哪个条约的约束，都可以用英语、法语或西班牙语任一语种提交，除非原属局规定只能选用其中一种或两种。
提交国际申请须缴纳基本费(原属国是联合国确定的最不发达国家的申请人提交国际申请，规费可减至10%);还须为前三类以外的每一类商品和/或服务缴纳附加费;并为每一被指定的缔约方缴纳补充费。不过,《马德里议定书》的缔约方可以声明，依据《马德里议定书》对其作出指定的，由单独规费取代补充费，数额由所涉的缔约方决定，但不得高于在其主管局进行国内商标注册应缴纳的费用额。对于国际注册问题:国际局一经收到国际申请，即予以审查，以判断其是否符合《马德里协定》《马德里议定书》及其《共同实施细则》的要求。这一审查限于形式，其中包括商品和/或服务清单是否便于分类和易于理解。申请如无任何不规范，国际局将在国际注册簿上对该商标进行登记，在《WIPO国际商标公告》(简称《公告》)中公布国际注册，并将该国际注册通知每一个被指定的缔约方。至于该商标在某一缔约方是否符合保护条件或是否与注册在先的商标有冲突等所有实质性问题，由该缔约方的商标局根据适用的国内立法决定。电子版的《公告》可在马德里体系网站上查阅。
