1)监管力度不足
大部分跨境支付的过程是通过网络进行的，但是由于网络的虚拟性不能产生纸质合同、资料等，所以交易记录易被伪造，从而造成证据的失真。相应的监管部门想要进行账单查询，在审核过程很难发现问题或真相。由于跨境贸易的数据量比较大、配送方式各有不同、交易方式不统一，因此监管部门在进行监管数据统计时会面临数据不全面的问题，从而导致监管力度不足。
2)支付安全问题
跨境电商网站很多，如有不慎会遇到某些“钓鱼”网站，消费者可能面临付款后无法收到货的风险、银行卡被盗刷或个人信息被盗用的风险。跨境电商支付与结算相比传统跨境贸易的支付与结算更为复杂，不同国家针对跨境电商支付与结算制定的法律法规不同，因此跨境交易主体需要对当地相关的法律法规有充分的了解。
3)法律不够完善
虽然我国已经在跨境行业有了比较明确的法律法规支撑，但是对于很多细节之处还是顾及不到，特别是在跨境支付与结算方面缺少相关的规定，所以法律的适用性有待改善。
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