专项贸易和关务检查，主要目的是检查和评估关务方面内部控制设计的合理性，关务执行的有效性和适应性，以及关务执行的合规性。在方法上，不仅包括一般审计中对内部控制的符合性测试，还有对进口交易的关务处理的实质测试和评估。
贸易和关务符合性测试的目的是了解关务内部控制设计的适当性和执行的有效性，可以为确定后面实质测试的范围和方法提供依据，也可以为判断和评估关务风险和提出改进关务内部控制提供依据。一般来说，贸易和关务符合性测试，包括以下几种方法。
①调查问卷和风险点核对表。根据贸易和关务法规要求和流程，将那些保证关务合规性的事项一一列举，作为调查对象。
②访谈和观摩。访谈包括询问管理层、内部审计部门、各个业务部门的负责人和操作人员，了解相关人员对法律法规以及内部政策的掌握程度，从不同部门了解相关的内部流程和控制措施，了解操作人员是否按照规范和流程作业。由于贸易和关务涉及多个部门，一个风险点的控制需要几个部门的协作，因此，同一个事项需要询问不同的部门，这样既能确定真实的流程(而不仅仅是纸面上描述的流程)，也可以判断部门之间的沟通和协作是否协调。
观摩就是实地察看被检查单位的生产场所和仓库，这可以帮助检查人员了解生产和储存过程中可能出现的问题，比如生产过程中的边角料和残次品的处理方法、减免税设备的使用是否合规。
③企业内部管理信息系统测试。如果企业内部管理信息系统设计合理，可以将关务的合规性要求直接反映在系统设计中，从系统中直接提取海关申报数据和申报报表，这将极大减少手工作业可能产生的错误，以及依靠人工判断产生的差错。但是，如果设计不合理或者不适用，将会产生系统的申报差错。按照目前海关对加工贸易的监管方式，联网监管或电子账册就是ERP系统与海关申报系统直接对接，ERP在设计上的缺陷将直接导致申报的错误。
如果企业有内部申报系统和关务系统，可以通过“模拟测试”或者“样本测试”检查输入和输出数据的匹配性和准确性，检查企业关务申报系统的“用户管理”“安全控制”的合理性。
对于加工贸易企业，在这一阶段可以以下列几个方面为重点：ERP系统设计应该区分保税料件和非保税料件；系统如何控制保税料件和非保税料件之间的“串换”；系统如何控制和报告保税料件转入国内销售；内销保税料件的进口价格如何获取；系统中的物料清单(bill of material，BOM)如何与联网监管或者电子账册的单耗一致；外发加工和深加工结转系统如何在不同部门之间实现有效协调。
④符合性测试的程序表。在进行关务风险符合性测试时，可以制作测试工作底稿，逐一确定风险控制点、控制程序，根据测定的结果对控制程序进行评价。
