在出口退税中，除普通出口货物之外，还会涉及海关特殊监管区域货物的出口退税，如保税区和出口加工区，当外贸企业或出口货物属于特殊监管区域范围内时，就需要按照相关的特殊规定办理退税。
海关特殊监管区域是经国务院批准，设立在我国境内，被赋予承接国际产业转移，连接国内国际两个市场，由海关主实施封闭监管的特定经济功能区域。有保税区、出口加工区、保税物流园区、跨工业园区、保税港区和综合保税区6种模式。
保税区是在海关的监管之下，对制造出口货物而进口的原材料、零部件以及在区内储存、加工、装配后需复出境的货物，准予暂缓办理纳税手续的区域。
保税区货物出口退税原则为：货物从保税区外运入保税区内不退税。但出口企业将货物存放于区内仓储企业，待货物实际离境后，可凭出口备案清单和出口报关单等退税，主要如下。
（1）非保税区运往保税区的货物不予退（免）税。
（2）保税区内企业从区外有进出口经营权的企业购进货物，并将购进的货物出口或加工后再出口的，凭区外供货企业提供的该货物的增值税专用发票和缴款书，运往保税区的出口货物报关单及以保税区报关离境的海关出具的出境备案清单以及其他规定的凭证，向税务机关申请办理免、抵或退税。
（3）保税区内进料加工企业从境外进口料件，可凭保税区海关签发的“海关保税区进境货物备案清单”办理《生产企业进料加工贸易免税证明》等单证。
（4）通过海关监管仓库出口的货物，可凭海关签发出口货物报关单（出口退税专用）及其他规定的凭证，按现行规定办理出口货物退（免）税。
（5）保税区与境外之间进出的货物实行备案制，海关不再签发报关单而改 备案清单。保税区内企业办理出口退税，持海关签发的备案清单及其他有关退税凭证向主管出口退税的税务机关申报办理退税。
出口加工区外企业销售给加工区内企业并运入出口加工区内企业使用的国产设备、原材料、零部件、元器件、包装物料，以及建造基础设施、加工企业和行政管理部门生产、办公用房的基建物资（不包括水、电、气），区外企业可凭海关签发的出口货物报关单（出口退税专用）和其他现行规定的出口退税凭证，向税务机关申报办理退（免）税。申请退税企业还应按海关规定填制出口货物报关单，报关单“运输方式”栏应为“出口”。
出口加工区的区内企业在加工区内加工和生产的货物，凡是将货物直接出口和销售给区内企业的，免征增值税和消费税。对区内企业出口的货物，不予办理退税；区内企业委托区外企业进行产品加工的，一律不予退（免）税；区内企业生产出口货物耗用的水、电、气、蒸汽，准予退还所含的增值税。
除此之外，在出口退税的实际处理过程中，外贸企业还需要了解经常涉及的两种特殊情况的处理，以妥善办理退税手续，享受退税优惠。
