在代理出口或流通型外贸企业的出口流程中，由于货物不是经营单位自产而是从供应商处采购得到，增值税在供应商所在地征收。而在经营单位所在地退税。故退税地税务局为确保货物的来源合法且已缴纳增值税，需要征税地税务局对经营单位与供应商的交易进行调查。这种调查工作称为“出口退税调函”。
出口退税调函一般包含以下工作流程：
(1)经营单位向税务局申请出口退税的同时，需申请发函并递交与订单有关的相关资料(税务局会给予文件模板与详细要求)。正常情况下，经营单位需向税务局递交一份固定格式的“外贸企业出口业务自查表”，然后附上采购的增值税发票复印件，与外销有关的文件证明，以及跟国内采购有关的单证。如果国内运输环节由经营单位负责，还应附上与国内物流有关的运输费用发票与付款证明。
(2)退税地税务局收到经营单位的发函申请后，向供应商所在地税务局发函要求调查。
(3)供应商所在地税务局收到通知后，会实地到供应商处调查货物的生产、运输与纳税是否合法与合乎正常商业逻辑。一般情况下，供应商配合调查后，应提交给税务局一份固定格式的“供货企业自查表”，一份说明交易情况的说明文件，开具的增值税发票复印件，涉及销售与原材料采购的票据与证明文件。
(4)如果税务局调查到的情况与经营单位提交的订单情况不一样，税务局会要求经营单位作出书面说明或重新发函调查。
(5)调函通过后，退税地税务局会向经营单位发一份复函正常的通知。
出口退税调函最容易出错的环节，是经营单位提供给税务局的“国内采购商品情况表”与供应商提供的“销售商品调查明细表”信息不一致。尤其是其中的货物由谁负责国内运输环节，由于表格是财务人员而非物流操作人员填写的，运输情况经常混淆以致调函结果异常。经营单位有必要在申请调函后把“国内采购商品情况表”抄送一份至供应商以防信息矛盾，既可避免不必要的麻烦，也可加快退税速度。
并非所有的代理出口或外贸型企业的出口订单都必须经过调函这个环节。正常情况下，经营单位首次与供应商合作的订单必须调函，调函后从经营单位收到复函正常的通知计一年起从该供应商采购的订单免调函。但如果采购双方涉及关注企业，或采购的货物涉及关注商品，调函的要求就会严格得多，不一定会有上述的一年免调函豁免期。
有部分商品，例如电脑的CPU，税务局认为其骗税比较容易，故这部分商品的调函次数特别多且严格，这些商品被称为“关注商品”。外贸企业可查询国家税务总局公布的《出口退税审核关注商品目录》以确认货物是否属于关注商品。同样道理，由于违纪或业务骗税风险高等原因，有部分企业(经营单位或供应商都有可能)会被税务局列为“关注企业”进行特别调查，但“关注企业”的信息一般不公开，只可向当地税务部门查询。
出口退税调函涉及的细节较多，有兴趣的读者可阅读以下两份法律文件以加深了解：
(1)国家税务总局关于发布《出口货物税收函调管理办法》的公告(国家税务总局公告2010年第11号)。
(2)国家税务总局关于印发《出口退税审核关注商品目录》的通知(国税函〔2010〕367号)。
