申请了出口退税的15天内，经营单位(代理业务中为出口代理商处理)必须做好出口单证备案工作。所谓的单证备案，是指税务局为防止出口骗税，要求经肯单位把出口流程中最关键的数份文件内部整理好，以备税务部门不时检查。
需要备案的关键文件有以下三种：
(1)流通型外贸企业的国内收购合同，或自产型外贸企业购买非自产货物的收购合同。
(2) 装货单，即能证明货物从出口商交给承运人的文件。
(3) 出口运输单据，能证明货物从承运人交给收货人的文件。
第一种收购合同不必多说了，如果是自产自销就没有收购合同，第一种单证不必备案。其余的装货单与出口运输单据，税务局相关规定的解析写得较为复杂，但这些文件其实相当于货物流通过程中换手的几份重要证明文件。
先考虑流通型外贸企业的情况，货物先从国内供应商换手至经营单位，能证明这层换手关系的是备案要求的收购合同。接着，货物出口时，经营单位需把货物交给承运人装上运输工具，海运的承运人即为船公司，能证明这层换手关系的是备案要求的装货单。最后，承运人将货物运至目的地后，会把货物交与国外客户，能证明该关系的是备案要求的出口运输单据。
备案单证的逻辑如上文所述，但实际上每种运输方式所要求的第二种与第三种单证种类不同，大致可归纳为图4 -11 所示的文件类型。海运柜货方式备案需要海关放行条（装货单） 与海运提单（出口运输单据），海运散货方式备案需要海关放行条（人仓收货单）与提单，空运方式备案需要空运提单与航空托运单，陆路运输方式备案需要司机纸与车辆托运单，而快递方式只需备案一份快递单即可，它既是装货单，又是出口运输单据。
上述三种备案单证整理好后需填写一份固定格式的《出口货物备案单证目录》，注意这些备案单证既可整理成册单独存放，也可注明存放地点不单独成册存放，只要税务局检查时能及时提供就可以了。建议最好整理成册单独存放。
如需进一步了解单证备案，可参考税务总局发布的《关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第24号)，其中第八条第四款有说明。此外已经失效的《关于出口货物退(免)税实行有关单证备案管理制度(暂行)的通知》(国税发[2005]199号)附件中有讲述装货单与出口运输单据的具体内容。
