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取消出口退税联，是海关无纸化通关的一个自然延伸。以往的出口退税联，是需要由海关专门签发的。出口货物放行后，海关会根据报关单是否要求退税，专门再针对已放行的报关单签发一次退税联。理论上说，货物放行后即可出具退税联，但在实操上，一般货物放行后，短则一两个星期，长则一个月后退税联才可返回到经营单位手上，然后经营单位才可拿着正本向税务局申请出口退税。取消退税联后申请退税无须再递交正本出口退联税，可以为经营单位节省一个多月的退税回笼时间从而减缓资金压力。

退税联改革的同时，也取消了电子口岸作为退税信息中转站的角色。退税联改革前，海关除了签发正本退联税，也会把报关单的相关信息传输给电子口岸，经营单位再自行登录电子口岸，确认报关信息无误后，电子口岸才会把报关信息发送给税务部门。税务部门在接受退税申请时就会比对纸质退税联以及电子口岸传输过来的报关信息。这种信息在企业递交后又返回给企业，让其核对源数据正本文件的操作，必然会导致数据延误、比对错误等。退税联改革后，海关直接把报关信息发给税务部门，不要任何信息搬运工作，不再就正本与电子数据比对，这项改革带来的便利性非常大。

退税联取消后还给物流与报关行业带来了一些意想不到的副作用。一般来说，货代与报关行招揽出口货物，都是先工作后收钱的。由于退税联是申请退税的关键文件而且正本签发较慢，绝大部分货代与报关行都会把退税联当作是费用质押，交清了费用才寄正木退税联。退税联被取消后，货代与报关行改不了先工作后收款的行业事实，又缺了正本退税联作为质押只好接受赊账，许多公司从而设立了对出口商的信用额度管理制度。