1.申请备案的条件
(1)加工贸易经营企业必须是具有进出口经营权的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司；
(2)加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证(执照)的工厂;
(3)经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记。
2.申请备案时应提交的文件
(1)商务主管部签发的有效的加工贸易企业经营状况和生产能力证明；
(2)国税部门备案证明(来料加工除外)；
(3)经营企业签订的加工贸易合同；
(4)经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同；
(5)加工贸易进出口商品国家有限制性规定的，需提供对口主管部门的许可证件；
(6)加盖企业印章的空白加工贸易登记手册；
(7)“加工合同备案申请表”；
(8)“进口料件备案申请表”；
(9)“加工出口成品备案表”；
(10)“单耗备案申请表”；
(11)经预录入的“企业加工合同备案呈报表”；
(12)产品生产工艺流程；
(13)为确定单耗和损耗率所需的资料；
(14)从事异地加工贸易合同备案，还应提供经营企业主管海关签注意见的“中华人民共和国海关异地加工贸易申请表”；
(15)海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
3.备案办理程序
(1)材料受理
申请人向海关递交材料。海关受理后进行初审。
(2)海关审核
海关根据规定审核企业的加工贸易合同和各项资料是否符合国家和海关的有关规定。
(3)设立台账
经海关审核通过的合同，需到中国银行设立银行保证金台账(AA类企业的所有合同，A、B类企业一万美元以下的合同除外)。
(4)核发手册
按规定已设立银行保证金台账或不需设立台账的合同，由主管海关核发加工贸易登记手册，企业凭以办理加工贸易货物的进出口手续。
4.办理时限
自出具“受理通知书”起5个工作日内。
5.“中华人民共和国海关加工贸易手册”的管理规定
为适应加工贸易新形势的发展需要，进一步规范加工贸易管理，简化企业办理加工贸易手续，决定从2006年1月1日起，启用“中华人民共和国海关加工贸易手册”(以下简称‘加工贸易手册”)，原“加工装配和中小型补偿贸易进出口货物登记手册”“中华人民共和国海关进料加工登记手册”和“中华人民共和国海关对外商投资企业履行产品出口合同所需进口料件加工复出口登记手册”(上述三种，以下简称“登记手册")同时停止使用。2006年1月1日前已备案核发的“登记手册”可继续使用至核销完毕。
