对海关注册登记和备案企业，海关按照诚信守法便利、失信违法惩戒、依法依规、公正公开原则，对企业实施信用管理。海关按照规定的标准和程序，认定企业为高级认证企业、失信企业或其他企业。对高级认证企业，实施便利的管理措施，例如进出口货物平均查验率低于实施常规管理措施企业平均查验率的20%、可以向海关申请免除担保、AEO互认国家或者地区海关通关便利措施；对失信企业，实施严格的管理措施，例如进出口货物查验率80%以上、经营加工贸易业务全额提供担保；对高级认证企业和失信企业之外的其他企业，实施常规的管理措施。
对存在违反进出口食品安全监管、进出口化妆品监管以及非法进口固体废物等严重违法行为的失信企业，海关将其列入严重失信主体名单，纳入跨部门联合惩戒范围。
对其他的海关登记企业，海关也实施信用管理。海关根据企业进出口通关记录和违规违法行为，评估企业信用状况，实施差别化管理措施:企业通关信用越好，适用通关管理措施越优惠，商品通关便利越多；反之，企业通关信用越差，适用通关管理措施越严格，商品通关便利越少。
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