信息实物联动控制。《申报清单》是跨境电商零售商品实物在海关信息化系统里的数字主体，包含商品与通关相关的属性信息，关联交易、支付、物流等电子信息，接受监管部门对商品属性的了解、审核、评估，承载监管部门对商品下达的信息化指令，形成了商品通关监管数据流；交易、支付、物流等电子信息作为通关辅助数据，从不同商业角度提供风险参考，辅助监管部门对《申报清单》进行风险评估和下达信息化指令。
跨境电商零售商品运抵监管场所后，监管场所经营人向海关发送运抵信息，在数据流中增加实物运抵标识，触发后续与实货相关的信息化指令，及时准确对实货执行捕获查验等操作；商品离开监管场所后，监管场所经营人向海关发送离场信息，在数据流中增加实物离场标识，及时准确完成后续结关核销等操作；商品经过卡口、称重设备、X光机等检查设备，形成实物信息与《申报清单》比对，比对结果存在监管风险的，可能触发对《申报清单》形成信息化指令。需要在后续监管环节执行；商品经人工检查后发现与《申报清单》不符的，需要更改《申报清单》以及其他电子信息，确保单单相符、单货相符。
电子信息代表商品实物在信息化系统完成数据流作业，实现快速验核通关单证，在关键环节关联实物流程，接收实物状态反馈，与实物联动控制和比对验证，完成商品整体监管流程。
风险甄别分类通关。跨境传统货物通关提供合同、发票、装箱单等商业单证，人工比对验证报关单相应信息，例如，合同交货条件应与报关单成交方式一致、装箱单件数重量应与报关单的一致，同时通过信息化系统分析比对报关单电子信息，甄别报关单风险，实施差别化管理措施，实现基于报关单电子信息的分类通关。
跨境电商零售通关借鉴跨境传统货物分类通关思路，统一规范法定单证《申报清单》，接收交易、支付、物流等更多商业电子信息，由信息化系统对电子信息比对验证：先对商业电子信息进行互相比对验证，主要进行完整性、规范性和一致性检查，通过验证的，允许进入后续通关流程，未通过验证的，不能进入后续通关流程；然后对商业电子信息、《申报清单》进行比对验证，确定《申报清单》风险等级，对低风险的快速放行，对高风险的转人工审核；人工审核先实施信息审核，评估电子信息可能存在的问题，例如价格低报、归类错误，核实更正《申报清单》和其他电子信息，消除监管隐患，对无法消除隐患需要验证实物的，转实货查验，确认商品实际报验状态，将耗费更长通关时间和更大通关成本。
跨境电商零售通关对《申报清单》和商业电子信息进行风险甄别，根据风险甄别结果实施相应监管措施，实现海量商品分类快速通关。
