与一般商业跟单信用证一样，备用信用证也具有独立性和单据化的特点，只要受益人提交了与备用信用证相符的单据，开证人就必须履行付款义务。但备用信用证的作用与一般商业跟单信用证存在显著不同。
1.两者使用的范围不同
与商业信用证相比，备用信用证用途更广泛。除进出口交易外，备用信用证还广泛适用于保证付款或履约，如在大型工程承包中保证投标人履行其职责，在融资过程中保证借款人到期还款，在货到付款、技术交易、租赁贸易等交易中作付款保证等;而商业信用证则主要用于进出口贸易结算，其目的是为了解决进出口双方互不信任的矛盾，将商业信用转化为银行信用，为进出口双方提供资金融通上的便利。
2.两者使用的前提不同
备用信用证下，只有在申请人未按照基础合同的规定履约时，开证银行才会根据受益人的索偿要求，凭相符单据按照备用信用证所规定的内容赔付款项。而在商业跟单信用证下，只有受益人履行其买卖合同义务后，提交了符合信用证条款的单据，开证行才必须向受益人或其指定人进行承付。因此，商业信用证项下的款项支付一般是必然会发生的。而备用信用证下，如申请人履约，则赔偿不会发生。简言之，商业跟单信用证用于受益人履约收款，而备用信用证则用于申请人违约赔款。可见，尽管备用信用证的开证人形式上承担着“见索即付”的“第一性”付款责任，但其开立意图实质上是“第二性”的，具有保函的性质，因此有时也称为“担保信用证”。
3.两者要求付款的单据不同
备用信用证一般仅凭受益人或第三者所出具的证明开证申请人违约的文件、索赔书以及其他有关文件或单据来支付款项;而商业信用证一般以符合信用证要求的装运单据，如商业发票、保险单、商检证书等作为付款的依据。可见，备用信用证的特点是凭简单单据付款，而商业信用证的特点是凭证明履行买卖合同的装运单据付款。商业信用证规定全套装运单据和装运期、交单期、有效期等，是“狭义”的跟单信用证;而备用信用证一般仅规定汇票和违约声明书，只有有效期，一般没有装运期，属于“广义”的跟单信用证，接近于光票信用证。
4. UCP600 条款对两者的适用不同
商业信用证一般适用于UCP600的全部条款;而备用信用证仅适用UCP600的部分条文，另有一部分条款则不适用，如分期装运/分期支款和对到期日的限制等。
