(一)事前监管
1.对企业进行管理
跨境电子商务平台企业、物流企业、支付企业等参与跨境电商零售进口业务的企业，应当依据海关报关单位备案管理相关规定，向所在地海关办理备案手续；境外跨境电子商务企业应委托境内代理人(以下称“跨境电子商务企业境内代理人”)向所在地海关办理备案手续，纳入海关信用管理。
2.对场所进行管理
跨境电子商务网购保税进口业务应当在特殊区域或物流中心内开展。特殊区域或物流中心应建立满足海关监管需要的信息化系统等，设置查验场地，配备非侵入式查验设备。仓储企业设置专用区域存放网购保税进口商品，未经海关同意，不得与其他货物混存。
(二)事中监管
1.一线进境
网购保税进口商品从境外进入区域(中心)，应按现行规定办理进境申报手续，一线进境通关环节应按照《跨境电子商务零售进口商品清单》要求对报关单(备案清单)对应的核注清单进行校验。对跨境电子商务网购保税进口的商品，按照个人自用进境物品监管，不执行有关商品首次进口许可批件、注册或备案要求，但对相关部门明令暂停进口的疫区商品和对出现重大质量安全风险的商品启动风险应急处置时除外。海关对跨境电子商务零售进出口商品及其装载容器、包装物按照相关法律法规实施检疫，并根据相关规定实施必要的监管措施。针对高风险动植物产品，需要在进境前获得检疫准入，包括国家准入、产品准入。
2.区间、区内流转管理
网购保税进口商品可在特殊区域和物流中心之间、同区域(中心)企业与企业之间进行流转，并按现行规定通过核注清单办理流转手续。
3.申报清单通关管理
跨境电子商务平台企业或跨境电子商务企业境内代理人、支付企业、物流企业应当分别通过“单一窗口”标准版或跨境电子商务通关服务平台向海关传输交易、支付、物流等电子信息，并对数据真实性承担相应责任。身份信息未经国家主管部门或其授权的机构认证的，订购人与支付人应当为同一人。跨境电子商务企业境内代理人或其委托的报关企业应提交《中华人民共和国海关跨境电子商务零售进出口商品申报清单》(以下简称《申报清单》)。
4.海关审核和查验
海关对《申报清单》进行审核，并根据布控指令进行查验。《申报清单》的修改或者撤销，参照海关《中华人民共和国海关进(出)口货物报关单》修改或者撤销有关规定办理。
5.出区管理
《申报清单》审核通过后，由跨境电商仓储企业申报出区核注清单、核放单，海关在出区环节实施必要的风险布控、重量比对等监管措施。
6.税收征管
跨境电商零售进口关税税率暂设为0%，进口环节增值税、消费税暂按法定应纳税额的70%征收。完税价格为实际交易价格。跨境电商零售进口商品消费者(订购人)为纳税义务人，在海关备案的跨境电子商务平台企业、物流企业或申报企业作为税款的代收代缴义务人，代为履行纳税义务，并承担相的补税义务及相关法律责任。代收代缴义务人可凭保证金、保函等办理网购保税进口商品税款担保，海关《申报清单》放行后30日内未申请或修撤单的，代收代缴义务人在放行后第31日至第45日内向海关办理纳税手续。
