1.税收征管方面
“海淘”“海代”商品适用行邮税。行邮税将关税和进口环节增值税、消费税三税并分为13%、20%、50%三档。行邮税的征收对象为个人物品，以“合理自用”为原则，还存在50元的免征额，税负一般较低。
跨境电商零售进口商品关税为0，进口环节增值税、消费税按法定应纳税额的 70%征收。
2.通关监管方面
(1)安全准入标准不同
跨境电商实施正面清单监管，快件实施禁限类负面清单监管，某些跨境电商渠道不能入境的物品可通过快件渠道入境。
(2)身份验核手段不同
跨境电商有较为完善的购买人身份信息验核办法，可以依托电商平台等途径进行验核，对于限期内验核不通过或未验核的，予以退单处理。快件监管对收件人身份验核手段有限，目前仍采取以企业提交、平台验核身份信息为主，以抽核电话、跟踪物流信息为辅的手段。
风险
一方面，跨境电商是一种新型的商品入境模式，它与传统的国际邮件、快件类似，进境时是以小包裹为主，包裹多为个人自用物品。较之跨境电商，国际邮件、快件缺少电子商务交易平台，没有包括“支付单、订单、物流单”在内的电子数据监管，需逐单申报，按传统方式查验放行。由于国际邮件、快件和跨境电商商品在验放和税收征管标准上存在较大差异，三者之间的流动性较大，一定程度上存在“渠道漂移”现象。
另一方面，跨境电商商品多以个人包裹形式进口，商品主要包括食品、化妆品、保健品和电子产品等，这些产品大多涉及安全、卫生、环保等方面要求。与以一般贸易方式进口此类商品相比，以跨境电商申报进境，形成事实上的低门槛准入。因此，一些不法分子利用寄递渠道，使得本应该以一般贸易方式进口的货物，逃避海关监管、规避海关关税、走私牟利，严重扰乱正常的进出境寄递行为。
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