有些外贸出口商品的利润来自出口退税，产品以不含税成本进入国际市场，大大增加了产品在国际市场上的竞争力。很多国家都有退免税政策，主要是指在出口环节免征增值税，相应的进项税额抵减内销应纳增值税额，将未抵减完的部分予以退还，按照出口离岸价(FOB)与征退税率差的乘积计算额度。一般纳税人出口退免税，涉及资格认定、单证申报、增值税发票、货单相符、收汇核销等几个关键流程。退税的速度与产品的品类和数量没有关系，而与企业的信用有关。比如高级认证企业历史税务记录良好，退税相对就会快一些。进口也有退税，如欧洲以销售税抵扣进口VAT。
中小型贸易公司，自营出口退税、合同签订方式、外汇支付途径等要求在实际业务操作中难以执行到位，其通常在接单后将出口订单委托给外贸代理公司办理相关手续，在业务结束后给付代理公司一定的手续费。办理出口手续的外贸公司不对订单交货的质量、价格、收款等负责，也不对国内采购货物的付款、交货、质量等项目负责，仅提供出口申报、结汇、退税等手续服务。跨境电商的小单在报关时手续麻烦且报关费用高，于是就产生了外贸综合服务企业，即具备对外贸易经营者身份，依托互联网服务平台，接受国内外客户委托，代为办理报关报检、物流、退税、收汇、融资、保险、结算、信保等综合业务，以及协助办理融资业务，以国际贸易供应链各环节服务为基础，为中小外贸企业提供标准化、高效透明的外贸代理服务。
跨境出口物流采用邮包、快件等方式走货，数据未纳入海关统计，为了利于规范和监管，海关用9610(即跨境电商的海关监管代码)将跨境直邮的监管独立出来，作为正规出口申报手续。为入驻综合保税区一般流程，在商家入驻综保区后，企业采用”9610分送集报”模式和“清单核放、汇总申报”方式，先把电商的出口清单、订单及物流等信息推送到跨境电商线上服务平台“单一窗口”,按规则备案并如实申报，海关对“清单”进行分批审核，快速放行，之后可委托报关行定期将已核放的清单归并形成报关单，向国家税务局出具证明票据申请退税。针对跨境电商企业出口货物无法取得进货发票的实际情况，如果企业不需要退税，则在跨境电子商务综合试验区无须形成报关单，若需要报关，则可合并相同申报要素项，对包裹大类集中申报，即可享受“免征不退”阳光化通关。有些跨境电商试点口岸，出口物品不用备案，预申报等手续简化，很多货代物流还能以此获取政府补贴。
退税必须要有增值税发票，如果无发票，则企业的采购环节相当于零成本，如果企业补缴，则要以销售价为基准缴税。在海关的“金税三期”系统上线后，更全面地记录纳税人每一笔涉税交易的流向及价格，“电子底单”让个人收入和企业资产往来更加透明化。如果产品品类较多，就比较适合选择9610出口，即货物分送完了之后再集中申报退税。如果产品单一，那么报关单和发票都比较统一，则可以选择海关监管代码0110(一般贸易)模式或1210(入驻保税区)模式。
“特殊区域出口 1210”模式，整进散出、提前备货，相当于企业把国外的海外仓搬到了国内的保税区里。这种模式可以对跨境电商出口货物实施先出后报、集中申报等操作。这种模式又分为两种类型，一种是在货物入保税港区(二线入区)即办理“入区退税”，即传统外贸业务模式，可以尽早办理出口报关、退税等手续。符合条件的电子商务企业或平台与海关联网，把整批商品按一般贸易报关进入海关特殊监管区，发票及财务流程正规，企业实现退税。对于已入区退税的商品，境外用户网购后，海关凭清单核放，出区离境后，海关定期将已放行清单归并形成出口报关单，电商凭此办理结汇手续。二是暂存入区“保税出口”模式，在货物“二线入区”时先不办理出口手续，用“入区清单”向海关申报，入区后用“电商账册”进行监管。保税仓的商品可以多次先出口，在月底汇总后，再一次性向口岸集报，生成正式报关单，最后提供对应报关单上货物的采购进项票，去税局办理退税。
在实际业务中，跨境电商出口一般会选择第二种类型的模式，即“批次进出、集中申报"，还可根据需要灵活地将货物返回国内转内销，无须办理复进口手续。1210出口要在 B型保税物流中心以上级别的关口去申请，搭建与海关数据同步交换的系统平台，实现库内货物的库存、分级、分装、贴商标等管理。也可以延伸转口及区内售后服务，被退货物在保税区进行重新清理、维修、包装后再销售，以及区内配套的进出口代理报关、集装箱堆存及货运代理等业务。还可以将邮政出口包裹集中在监管区内进行综合管理，由原来区外分拣、区内通关，变为直接在监管区内进行分拣、整理、通关，提升同场地的集成监管与作业效率。
