进料加工的主要监管方式主要有三种，具体内容如下：
1．保税工厂、保税仓库方式
经营单位或生产企业有专门加工出口产品的工厂、车间，或经营单位本身拥有专门储存进口料件和加工成品的仓库，建有专用账册、专人管理制度，并具备海关监管的其他条件，海关可以批准建立加工贸易保税工厂或备料加工保税仓库。
其料件进口时先予以全额保税，加工后以实际出口部分所耗加口料件予以免税，不出口部分自然予以征税。进出口货物的海关手续按进料加工保税工厂和保税仓库的要求办理。
2．对口合同方式
我方与外商分别签订进口和加工成品出口的对口合同，料件进口时我方先付料件价款，加工成成品出口时再收取成品价款的进料加工，经主管海关批准可对其进口料件予以保税。加工后对实际出口部分所耗进口料件予以免税，但合同项下进口的机器设备应按一般进口货物办理进口报关和征税手续。
3．定额征税
凡不具备以上条件的经营进料加工的单位和加工生产企业，其进口料件根据《进料加工进口料件征免税比例表》的规定，分别按85%或95%作为出口部分免税，15%或5%作为不能出口部分照章征税。如实际不能出口部分多于或少于已征比例，经海关审核无讹后，分别予以补税或退税。
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