纸质手册电子化，是以加工贸易手册为管理对象，在加工贸易手册设立、通关、核销等环节采用“电子手册十自动核算”的模式取代现有的纸质手册，并逐步通过与相关部委的联网取消纸质单证作业，最终实现“电子申报、网上申报、无纸通关、无纸报核”的监管模式。
由纸质手册电子化系统开设的手册称为“电子化手册”。
(1)主管部门业务批准。
加工贸易企业向商务主管部门申办“加工贸易企业经营情况及生产能力证明”和“加工贸易业务批准证申请表”。
(2)备案资料库设立和变更。
其作用类似于经营范围备案，定义企业的加工能力和贸易许可，对通关备案范围进行限制。
(3)通关手册设立和变更。
一般加工贸易企业可设立多本通关手册，但只能设立一个备案资料库。
(4)保证金台账管理。海关办理设立通过手续后，如企业需要缴纳保证金，海关出具银行台账开设联系单，企业至银行办理台账手续。企业至海关办理银行台账开设联系单回执登记手续，海关登记回执后，系统生成电子化手册。
(5)进出口通关申报。
企业可在 QP报关申报系统中录入报关单，向海关申报。企业直接申报通关手册备案项下的商品。
(6)电子化手册报核。
企业的加工贸易手册完成后，可通过 QP 系统向海关进行电子化手册的报核：发送报关单与海关电子底账对碰；对碰进出口料件情况，核查余料数量；自动核算。
海关办理通过后，向企业返回通过信息，办理不通过的，返回退单信息。企业根据提示至海关业务现场提交相关单证。海关核实相关单证通过后，对电子化手册进行结案并出具银行台账核销联系单。企业至银行办理台账核销手续。企业至海关办理台账核销联系单回执登记手续，完成电子化手册核销全过程。
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